结论：科室主任在未通知员工的情况下一般不可以擅自进行绩效二次分配，但具体是否可行还需结合单位规章制度、劳动合同以及相关法律法规来综合判断。以下从不同角度进行分析：

从单位规章制度和劳动合同角度

1. 若单位规章制度或劳动合同有明确规定：

   • 如果单位的规章制度或者与员工签订的劳动合同中，明确规定了绩效的分配方式，包括是否可以进行二次分配以及二次分配的具体规则和程序，那么科室主任在未按照这些规定进行通知和操作的情况下，擅自进行绩效二次分配是不合法的。例如，规章制度中规定绩效分配需经员工本人签字确认，而科室主任未履行此程序，则其行为构成违规。
   • 建议：员工应首先查阅单位的规章制度和劳动合同，了解绩效分配的相关规定。如果发现科室主任的行为违反了这些规定，可以与科室主任或单位的人力资源部门进行沟通，要求纠正错误。

2. 若单位规章制度或劳动合同无明确规定：

   • 如果单位的规章制度或劳动合同中没有明确规定绩效的分配方式，那么科室主任擅自进行绩效二次分配就缺乏明确的依据。在这种情况下，科室主任的行为可能构成对员工权益的侵害，因为员工对于自己的劳动成果（即绩效）有权了解分配方式和结果。
   • 建议：员工可以与科室主任或单位管理层进行协商，要求明确绩效的分配方式和程序。如果协商无果，员工可以向单位的劳动争议调解委员会申请调解，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。

从法律法规角度

• 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定：
  • 劳动者享有平等就业和选择职业的权利、取得劳动报酬的权利等。绩效作为劳动报酬的一部分，其分配应当遵循公平、公正、公开的原则。科室主任在未通知员工的情况下擅自进行绩效二次分配，可能违反了这些原则，侵害了员工的合法权益。
  • 建议：如果员工认为科室主任的行为违反了法律法规，可以向当地的劳动保障监察部门投诉，或者寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。

实际操作中的注意事项

• 保留证据：员工在发现科室主任擅自进行绩效二次分配后，应尽可能保留相关证据，如绩效分配表、工资条、与科室主任的沟通记录等，以便在后续维权过程中使用。
• 及时沟通：员工在发现问题后，应及时与科室主任或单位管理层进行沟通，表达自己的诉求和意见，争取通过协商解决问题。
• 寻求帮助：如果员工在维权过程中遇到困难或不确定如何操作，可以向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。

总结：科室主任在未通知员工的情况下擅自进行绩效二次分配是不合法的，但具体是否可行还需结合单位规章制度、劳动合同以及相关法律法规来综合判断。员工在发现问题后，应保留证据、及时沟通，并在必要时寻求法律帮助。