无效协议本身不适用诉讼时效，但基于无效协议产生的相关请求权可能受诉讼时效限制。以下是对这一问题的详细分析：
一、无效协议不适用诉讼时效
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无效协议自始、当然、确定无效，其无效状态不会因时间的推移而改变。请求确认协议无效是形成权的行使，本身并不受诉讼时效的限制。
原理分析：
- 协议无效是因为其违反了法律、行政法规的强制性规定或公序良俗，这种无效是自始、当然、确定的。时间的推移不会改变协议的违法性，若允许对确认协议无效的请求适用诉讼时效，将违背法律维护社会公共秩序和法律秩序的目的。例如，签订买卖毒品的协议因违反法律而自始无效，不会因时间流逝而变得有效。
二、基于无效协议产生的相关请求权可能受诉讼时效限制
返还财产请求权：
- 当协议被确认无效后，基于该协议取得的财产应当予以返还。此返还财产请求权在性质上属于债权请求权，通常受诉讼时效约束。诉讼时效期间一般从协议被确认无效之日起计算。例如，甲基于无效协议取得乙的货物，协议无效后，乙要求甲返还货物的请求权即受诉讼时效限制。
赔偿损失请求权：
- 协议无效后，有过错的一方应赔偿对方因此遭受的损失。赔偿损失请求权亦属债权请求权，受诉讼时效约束。其诉讼时效的起算点同样从协议被确认无效之日起开始计算。例如，因协议无效导致一方经济损失，该方要求过错方赔偿的请求权即受诉讼时效限制。
三、特殊情况
- 涉及不动产物权的协议无效请求权：
- 对于涉及不动产物权的协议无效请求权，由于其特殊性质，通常不适用诉讼时效的规定。这意味着，即使超过了一般诉讼时效期间，权利人仍有权主张该类协议无效。
四、实际操作建议
及时主张权利：
- 尽管请求确认协议无效本身不受诉讼时效限制，但为了避免法律关系长期处于不确定状态，并考虑到法院在审理时会综合考虑多种因素（如当事人的过错程度、无效事由的性质和后果等），建议当事人在发现协议存在无效事由后，尽快采取相应的法律行动。
保留证据：
- 在主张协议无效及相应权利时，务必保留好相关证据，如协议文本、交易记录、沟通记录等，以便在诉讼或仲裁中证明自己的主张。
了解诉讼时效：
- 对于基于无效协议产生的返还财产、赔偿损失等请求权，要了解并遵循相关法律法规关于诉讼时效的规定，以免因超过诉讼时效而丧失胜诉权。
综上所述，无效协议本身不适用诉讼时效，但基于无效协议产生的相关请求权可能受诉讼时效限制。在处理具体案件时，应仔细分析具体情况，并参考相关法律规定来确定是否存在诉讼时效的问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。