对协议书有异议，确实存在诉讼时效的问题。下面我将从多个角度为你详细分析这个问题。
诉讼时效的基本概念
诉讼时效，简单来说，就是法律规定的你行使权利的有效期限。一旦过了这个期限，你再向法院提起诉讼，法院可能就不会再保护你的权利了。在合同纠纷中，这个时效通常是从你知道或者应当知道自己的权利被侵害时开始计算的。
诉讼时效的具体规定
一般诉讼时效：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，一般的诉讼时效期间是三年。这意味着，如果你对协议书有异议，并且认为自己的权益受到了侵害，你需要在知道或应当知道权益受损之日起三年内提起诉讼。
特殊诉讼时效：
- 在某些特殊情况下，法律可能规定了不同的诉讼时效期间。比如，如果协议书涉及的是国际货物买卖合同或者技术进出口合同，那么诉讼时效期间可能是四年。但这种情况相对较少，大多数情况下还是适用三年的诉讼时效。
最长诉讼时效：
- 除了上述的一般和特殊诉讼时效外，法律还规定了最长诉讼时效期间，通常是二十年。这意味着，即使你因为某些原因在三年内没有提起诉讼，但只要从权利被侵害之日起没有超过二十年，你仍然有可能向法院提起诉讼。不过，这种情况下的举证责任会更重，你需要提供充分的证据来证明你的权利确实受到了侵害。
诉讼时效的中断与延长
- 诉讼时效中断：在诉讼时效期间内，如果你因为某些原因（比如向对方提出请求、对方同意履行义务等）导致诉讼时效中断，那么诉讼时效期间会重新计算。这意味着，你有机会在中断后再次获得完整的诉讼时效期间来行使你的权利。
- 诉讼时效延长：在某些特殊情况下，法院可能会根据当事人的申请延长诉讼时效期间。但这需要满足一定的条件，并且法院会进行严格的审查。
实际建议
- 及时行使权利：如果你对协议书有异议，并且认为自己的权益受到了侵害，那么最好在诉讼时效期间内及时提起诉讼。不要拖延时间，以免错过行使权利的最佳时机。
- 保留证据：在提起诉讼前，你需要保留好所有与协议书相关的证据。这些证据将有助于你在法庭上证明自己的权益确实受到了侵害。
- 咨询专业律师：虽然我已经为你提供了关于诉讼时效的基本知识，但每个案件的具体情况都是不同的。如果你对诉讼时效或者其他法律问题有疑问，最好直接向我咨询。我会根据你的具体情况为你提供更详细的法律建议。
综上所述，对协议书有异议时确实存在诉讼时效的问题。你需要根据自己的具体情况在诉讼时效期间内及时行使权利，并保留好相关证据。如果你有任何疑问或者需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。