如果被告在庭审中提出原告诉讼时效已超，但法院未予驳回，被告可以从以下几个方面进行应对和进一步主张：
明确抗辩理由与依据：
- 被告应再次明确指出原告的诉讼请求已经超过了法律规定的诉讼时效期间，并详细阐述诉讼时效的起算点及为何认为已届满。例如，若合同有约定履行期限，则从履行期限届满之日起算；若无约定，则从债权人知道或应当知道权利受损及义务人之日起算。
- 引用《中华人民共和国民法典》第一百八十八条的规定，即“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算”。若原告请求已超出此期限，则法院应不予保护。
提供充分证据支持抗辩：
- 被告需提供相关证据来证明原告的诉讼请求确实已超诉讼时效。这可以包括双方之间的通信记录、往来文件等，表明在整个诉讼时效期间内，原告从未以任何方式向被告主张过权利。
- 若原告声称存在诉讼时效中断、中止的情况，被告需提供证据反驳，如证明原告所称的催款函并非在诉讼时效期间内发出，或证明原告所主张的不可抗力等导致诉讼时效中止的事由并不存在。
注意反驳原告的特殊主张：
- 原告可能会试图通过某些方式来规避诉讼时效的限制，如声称存在诉讼时效中断、中止或延长等情形。被告需有针对性地反驳这些主张，并提供相应的证据来证明自己的观点。
- 被告还需明确表示自己并未作出放弃诉讼时效抗辩权的意思表示，以避免因误解或疏忽而丧失抗辩权。
考虑上诉或申请再审：
- 如果被告认为法院的判决确实存在错误，如未正确适用诉讼时效的规定，被告可以在法定期限内提起上诉，请求上级法院对案件进行重新审理。
- 若判决已生效，被告在发现新证据或认为原判决存在重大错误时，还可以考虑申请再审，以纠正可能的错误判决。
综合考量与策略调整：
- 被告在制定抗辩策略时，需要综合考虑案件的具体情况，包括诉讼时效的起算点、中断、中止等情形以及自身的行为是否构成对时效利益的放弃等。
- 根据案件进展和法院的态度，被告可能需要灵活调整抗辩策略，以最大程度地保护自身的合法权益。
示例说明：
假设在一个合同纠纷案件中，原告要求被告支付货款，但合同约定的履行期限已届满超过三年，且在此期间原告从未向被告主张过权利。被告在收到诉状副本后，发现原告诉讼时效已超，但在庭审中法院未予驳回。此时，被告可以按照上述步骤进行应对，明确抗辩理由与依据，提供充分证据支持抗辩，并注意反驳原告的特殊主张。如果法院最终仍判决被告支付货款，被告可以在法定期限内提起上诉或申请再审。
法律后果提示：
如果被告未能有效抗辩或法院未予采纳抗辩理由，被告可能需要承担不利的法律后果，如支付货款、赔偿损失等。因此，被告在应对此类案件时，应充分准备、积极抗辩，并寻求专业法律帮助以确保自身权益不受侵害。
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