当原告的起诉已经超过诉讼时效期时，被告在法庭上可以采取以下策略来维护自己的合法权益：
明确提出诉讼时效抗辩：
- 被告应在答辩状或庭审过程中，直接且明确地指出原告的诉讼请求已经超过了法律规定的诉讼时效期间。这是最直接且有效的抗辩方式，能够直接针对原告的诉求进行反驳。
- 具体说明诉讼时效的起算点，例如合同约定的履行期限届满之日，或若无履行期限约定，则从债权人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。并清晰阐述为何认为诉讼时效已届满，请求法院驳回原告的诉讼请求。
提供充分证据支持抗辩：
- 被告需要提供相关证据来证明原告的诉讼请求确实已经超过了法定的诉讼时效期间。这些证据可以包括双方之间的通信记录、往来文件等，表明在整个诉讼时效期间内，债权人从未以任何方式向债务人主张过权利。
- 若原告声称存在诉讼时效中断、中止的情况，被告需提供证据反驳，例如证明原告所称的催款函并非在诉讼时效期间内发出，或证明原告所主张的不可抗力等导致诉讼时效中止的事由并不存在。
准确引用相关法律规定：
- 在抗辩过程中，被告应准确引用《中华人民共和国民法典》等相关法律法规中关于诉讼时效的具体条款。例如，指出根据《民法典》第一百八十八条的规定，诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算，但自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。
- 通过明确的法律依据来强调自己的抗辩是合法且有据的，增加抗辩的说服力。
注意反驳原告的特殊主张：
- 在实际操作中，原告可能会试图通过某些方式来规避诉讼时效的限制，如声称存在诉讼时效中断、中止或延长等情形。此时，被告需要有针对性地反驳这些主张，并提供相应的证据来证明自己的观点。
- 同时，被告还需明确表示自己并未作出放弃诉讼时效抗辩权的意思表示，以避免因误解或疏忽而丧失抗辩权。
了解法院的处理原则：
- 需要注意的是，人民法院不得主动适用诉讼时效的规定。这意味着，即使案件已过诉讼时效，如果被告未提出时效抗辩，法院也不会主动以超过诉讼时效为由驳回原告的诉讼请求。
- 因此，被告必须主动提出诉讼时效抗辩，才能促使法院对诉讼时效问题进行审查。
法律后果与提醒：
- 一旦法院确认诉讼时效已过且不存在合法事由，将判决驳回原告的诉讼请求。此时，原告将丧失通过司法途径强制实现债权的权利。
- 然而，超过诉讼时效仅导致胜诉权丧失，基础债权仍受法律保护。如果债务人自愿履行债务或明确表示同意履行，则不得以不知诉讼时效已过为由请求返还。
- 因此，被告在提出诉讼时效抗辩的同时，也应考虑自身是否愿意履行债务或是否存在其他法律后果的承担问题。
建议：
- 在面对超过诉讼时效的诉讼请求时，被告应充分利用法律赋予的权利，通过明确提出诉讼时效抗辩、提供充分证据支持、准确引用法律规定等方式来积极维护自身的合法权益。
- 如有需要，被告可以寻求专业律师的帮助，以制定更为全面和有效的抗辩策略。
希望以上解答能够对你有所帮助。如果你还有其他法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。