当法院认为诉讼时效已经过了时，其处理方式会依据案件的具体情况以及所处的法律程序阶段来综合考量。以下是对这一问题的详细解答：
一、法院的基本处理流程
受理阶段：
- 即便案件超过了诉讼时效，只要它符合立案的基本条件，法院仍然会予以受理。诉讼时效并非法院受理案件的先决条件，但它会显著影响原告的胜诉权。
- 在受理案件后，法院可能会向当事人提示诉讼时效的问题，以便他们了解潜在的诉讼风险。
审理阶段：
- 法院在审理案件时，会自动对诉讼时效进行审查，无论被告是否提出抗辩。
- 如果法院确认案件已经超过了诉讼时效，并且没有存在诉讼时效中断、中止等法定事由，那么法院将会判决驳回原告的诉讼请求。
特殊情况的处理：
- 在某些特定情况下，如不可抗力或权利人主张权利等，诉讼时效可能会中止或中断，并重新开始计算。
- 还有一些案件，如涉及停止侵害、排除妨碍等，可能不受诉讼时效的限制。
二、针对不同诉讼类型的特殊处理
民事诉讼：
- 在一审判决后，如果原告未上诉，判决将生效。如果原告上诉，一审法院会将卷宗整理后移送二审法院进行审查。
- 二审法院会对上诉请求进行审查，并可能维持原判、改判、撤销或变更原判决。
行政诉讼：
- 如果被告在诉讼过程中未提出时效抗辩，法院不会主动审查并适用诉讼时效规定进行裁判。
- 如果被告提出时效抗辩，法院将仔细审查相关时间节点，判断是否存在诉讼时效中止、中断等法定情形。若确认原告起诉超过法定诉讼时效且无法定情形，法院将裁定驳回原告起诉。
三、当事人的应对策略
对于被告（可能胜诉方）：
- 如果胜诉，应依法申请强制执行以实现自己的权益。
- 同时，要关注原告是否上诉或申请再审，并做好相应的应对准备。
对于原告（可能败诉方）：
- 如果认为一审法院对诉讼时效的认定有误，可以在规定期限内上诉，并提交上诉状及新证据。
- 如果错过了上诉期但认为判决有误，可以在判决生效后六个月内申请再审，但需符合法定情形。
- 如果没有足够的理由改变判决或放弃上诉、再审，那么应接受判决结果并承担相应的法律后果。
- 作为一种务实的选择，原告还可以考虑通过协商达成一致意见，以降低诉讼成本。
共同策略：
- 无论是原告还是被告，都应充分了解诉讼时效及相关法律规定，以便做出明智的决策。
- 如有需要，建议咨询专业律师以获取具体的法律建议和帮助。
综上所述，面对诉讼时效已过的判决，法院会依法进行受理、审查和判决。而当事人则需根据自身情况和法律程序阶段选择合适的应对策略，以更好地维护自己的合法权益。