当员工离职时已经过了减员截止日期，处理这种情况需要遵循一定的流程和规定，以确保社保申报的准确性和合规性。以下是一个详细的处理步骤：

首先，确认离职日期与停保时间：

• 尽管已经过了减员截止日期，但停保时间仍应据实填写，即填写员工实际离职的日期。例如，如果员工在1月23日离职，停保时间就应填写为1月23日，而不是延迟到1月30日或2月1日。

接下来，进行停保申报：

1. 输入信息：在社保系统中输入需报减人员的证件号码，选择停保时间（即离职日期）、停保原因（如“员工离职”）及参保险种。

2. 添加校验：点击“添加校验”按钮，系统会对输入的信息进行校验，确保信息的准确性和完整性。

3. 查看校验成功信息：校验通过后，查看“校验成功信息”，确认无误后进行下一步操作。

4. 保存信息：勾选待减人员，点击“保存”按钮，系统会生成“在职职工减员申报表”。

5. 核对减员信息：再次核对减员信息，包括停保时间、停保原因、参保险种等，确保所有信息都准确无误。

6. 确认提交：核对无误后，点击“确认提交”按钮，将减员申报信息提交至社保系统。

然后，关注申报审核状态：

• 提交后，可随时进入社保系统的“单位查询服务”—“单位办件记录”中查询已申报业务的审核状态。
• 如果显示“审核通过”，则表示人员报减成功，社保系统将不再为该员工缴纳社保费用。

最后，处理可能的后续问题：

• 如果因为过了减员截止日期而导致社保费用已经产生，可能需要与社保机构沟通，了解是否需要补缴或如何调整社保费用。
• 同时，也要确保与离职员工就社保费用问题进行明确沟通，避免产生不必要的纠纷。

综上所述，即使员工离职时已经过了减员截止日期，也应按照上述流程进行停保申报，并关注申报审核状态及处理可能的后续问题。这样可以确保社保申报的准确性和合规性，同时维护公司与员工之间的良好关系。