结论：公司实行大小休工作制但有两个月上了26天班，且多上的班未按加班计算，这种做法是否合法需分情况讨论，但多数情况下，若未依法支付加班费，则公司的做法不合法。

分析如下：

1. 关于大小休工作制：

   • 大小休工作制，即一周内有一天休息日（小休），另一天为工作日，而下一周则相反，通常是为了适应企业生产经营需要而设定的一种特殊工时制度。但无论何种工时制度，都需遵守国家关于工作时间和休息休假的法律规定。

2. 关于工作时间：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。若公司实行大小休工作制，但导致劳动者在两个月内上了26天班，这可能意味着劳动者在某些周的工作时间超过了法定标准。然而，仅凭此信息无法直接判断是否违法，因为还需考虑具体的工作时间安排和加班情况。

3. 关于加班费：

   • 关键在于多上的班是否被认定为加班，以及是否依法支付了加班费。根据《劳动法》第四十四条，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
     • 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
     • 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
     • 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
   • 若公司未依法支付加班费，则即使大小休工作制本身合法，其未支付加班费的行为也是违法的。

4. 具体情境分析：

   • 若多上的班属于休息日加班且未安排补休：公司应支付不低于工资的百分之二百的加班费。若未支付，则违法。
   • 若多上的班属于工作日延长工作时间：公司应支付不低于工资的百分之一百五十的加班费。若未支付，则违法。
   • 若公司能证明多上的班并未超过法定工作时间（如通过灵活的工作时间安排）：且未安排加班，则可能不构成违法。但这种情况较为罕见，且需公司承担举证责任。

建议：

• 劳动者：若认为公司未依法支付加班费，可先与公司协商解决；协商不成，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 公司：应严格遵守国家关于工作时间和休息休假的法律规定，合理安排劳动者的工作时间，并依法支付加班费。若需实行特殊工时制度，应依法报经劳动行政部门批准。

后续行动：

• 劳动者可收集相关证据（如考勤记录、工资条等），以证明自己的工作时间和加班情况。
• 如有需要，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供更详细的法律建议。