结论：老板只给三天加班工资，其余时间给调休单的做法，在大多数情况下是不合法的。具体来说，这取决于加班的性质以及是否符合相关法律法规的规定。
一、关于加班工资和调休的法律规定
根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位安排劳动者加班的，应当按照下列标准支付加班工资：
- 工作日加班：支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。
- 休息日加班：如果不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
- 法定节假日加班：支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
同时，对于休息日加班，如果用人单位能够安排劳动者补休的，可以不支付加班工资。但这里的补休应当是等时的，即加班多少小时就应当补休多少小时，且补休应当在合理的时间内安排。
二、针对您情况的具体分析
如果加班发生在工作日：
- 老板应当支付您不低于工资百分之一百五十的加班工资。
- 调休单不能替代加班工资，因为工作日加班没有补休的规定。
如果加班发生在休息日：
- 老板可以选择支付您不低于工资百分之二百的加班工资，或者安排您补休。
- 但如果老板只给了三天的加班工资，而其余时间给调休单，这需要看调休是否等时且合理。如果调休时间不足或者安排不合理，那么这种做法仍然是不合法的。
- 特别是如果一个月内加班时间较长，仅靠三天的加班工资和调休单可能无法完全补偿您的劳动付出。
如果加班发生在法定节假日：
- 老板必须支付您不低于工资百分之三百的加班工资。
- 调休单不能替代法定节假日的加班工资。
三、建议与措施
与老板协商：
- 首先，您可以尝试与老板进行沟通，说明您的加班情况和相关法律法规的规定，要求老板按照法律规定支付加班工资。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉，要求他们介入调查并处理此事。
申请劳动仲裁：
- 如果劳动监察部门无法解决问题，或者您对处理结果不满意，您可以向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
四、注意事项
- 在处理此类问题时，请务必保留好相关的证据，如加班记录、工资单、调休单等，以便在需要时提供证明。
- 同时，也要注意了解自己的权益和义务，避免因为不了解法律而遭受损失。
最后，如果您在处理此类问题时遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询。作为专业律师，我将竭诚为您提供法律帮助和支持。