结论前置：法人通过微信方式给员工发放工资，并不影响劳动关系的认定。劳动关系的确认主要依据双方是否存在用工的合意、是否实际提供了劳动以及是否接受了用人单位的管理等因素，而非仅仅依据工资的发放形式。

详细分析：

1. 劳动关系的认定标准：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，劳动关系的确认主要基于双方是否存在用工的合意、劳动者是否实际提供了劳动、用人单位是否对劳动者进行了管理以及支付了劳动报酬等因素。
   • 工资的发放形式，无论是通过银行转账、现金支付还是微信转账，都不影响劳动关系的本质认定。微信转账只是工资支付的一种便捷方式，它本身并不决定劳动关系的存在与否。

2. 微信发放工资的合法性：

   • 微信发放工资本身并不违法，只要用人单位能够确保工资的准确、及时支付，并且保留了相应的支付记录，就可以作为工资支付的合法凭证。
   • 然而，为了保障劳动者的权益，建议用人单位在采用微信等电子方式支付工资时，应与劳动者签订书面协议，明确工资支付的方式、时间、金额等关键信息，并保留好相关的支付记录。

3. 劳动关系认定的其他证据：

   • 除了工资支付记录外，劳动关系的认定还可以依据其他证据，如劳动合同、工作证、考勤记录、工作邮件、聊天记录等。
   • 这些证据可以相互印证，形成完整的证据链，从而证明劳动关系的存在。

4. 实际案例与司法实践：

   • 在司法实践中，法院在认定劳动关系时，会综合考虑多种因素，而不会仅仅依据工资的发放形式。
   • 例如，即使工资是通过微信发放的，但如果劳动者能够提供其他证据证明其与用人单位之间存在用工关系，如工作证、考勤记录等，法院仍然会认定双方存在劳动关系。

法律建议：

• 对于用人单位而言，为了保障劳动关系的合法性和稳定性，建议与劳动者签订书面劳动合同，并明确工资支付的方式、时间、金额等关键信息。
• 对于劳动者而言，如果用人单位通过微信等方式支付工资，应要求用人单位提供相应的支付记录，并保留好其他能够证明劳动关系的证据，以备不时之需。

可能后果：

• 如果用人单位未与劳动者签订书面劳动合同，或者未保留好工资支付记录等关键证据，一旦发生劳动争议，可能会面临举证不能的风险，从而承担不利的法律后果。
• 对于劳动者而言，如果无法提供足够的证据证明其与用人单位之间存在劳动关系，可能会影响其合法权益的维护。

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