公司法人发工资并不能直接确定或否定劳动关系的存在，劳动关系是否成立需结合其他证据和实际情况进行综合判断。以下是对这一问题的详细分析：
一、劳动关系确认的核心要点
劳动关系的确认是一个综合考量的过程，不能仅凭工资发放方式这一单一因素来判定。通常，劳动关系的确认需要结合劳动合同、工资支付记录、工作证、考勤记录、工作任务分配、同事或上级沟通记录等多方面证据。这些证据共同构成了证明劳动关系存在与否的坚实基础。
二、可能认定存在劳动关系的情况
存在其他劳动关系佐证：
- 除了法人个人账户发工资外，如果还有工作证、工作服、考勤记录、同事证言、工作安排记录等能够证明劳动者接受用人单位管理、从事用人单位安排的有报酬的劳动，且该劳动是用人单位业务组成部分的相关证据，那么很可能被认定存在劳动关系。
- 例如，公司有员工的考勤记录，工作群中有领导安排任务、员工汇报工作的聊天记录，且工资发放周期、金额固定并与工作表现关联，这些均可作为劳动关系的佐证。
法人行为代表公司意志：
- 当法人以公司名义招聘员工，员工入职后按公司规章制度工作，且法人发放工资是在履行公司管理职责时，可以认为法人的行为代表公司意志，从而确认劳动关系。这种情况下，法人个人账户发工资只是工资支付的一种方式，并不影响劳动关系的认定。
三、可能不被认定存在劳动关系的情况
缺乏劳动关系实质特征：
- 如果无其他证据证明劳动者与用人单位之间存在管理与被管理的关系，劳动者的工作内容并非用人单位业务组成部分，只是偶尔提供劳务并获得报酬，那么难以认定存在劳动关系。
- 例如，劳动者仅为公司完成临时性、独立性的任务，不受公司规章制度约束，工作时间和方式自由决定，这种情况下更倾向于认定为劳务关系。
法人个人行为与公司无关：
- 如果能证明法人发放工资是其个人行为，并非代表公司意志，如法人与劳动者存在私人经济往来或合作关系，工资发放基于这种私人关系而与公司业务和管理无关，那么不能认定存在劳动关系。这种情况下，法人个人账户发工资与劳动关系无关，只是私人之间的经济往来。
四、特殊情况说明
- 对于法定代表人而言，其与公司之间是否存在劳动关系还需综合考虑是否实际参与公司日常管理和工作、是否从公司领取工资和享受社保待遇等因素。如果法定代表人只是挂名，不参与公司实际管理，不从公司领取报酬，也不受公司管理约束，那么与公司不构成劳动关系。
- 另外，虽然法人个人账户发工资可在一定程度上证明劳动关系，但并非所有情况下都如此。如果个人账户转账并非出于支付工资目的，或转账金额与工资数额不符，那么这种转账行为可能无法作为证明劳动关系的有效证据。
五、法律后果与建议
- 在劳动争议中，主张劳动关系存在的一方需承担举证责任。如果劳动者能提供足够证据证明劳动关系存在，而用人单位无法提供反证或合理解释个人账户转账行为的原因，仲裁机构或法院往往会认定双方存在劳动关系。此时，用人单位可能面临支付未签劳动合同二倍工资差额、经济补偿、补缴社会保险等法律责任。
- 因此，我建议劳动者在入职时尽量与公司签订书面劳动合同，并保留好工资支付记录、工作证、考勤记录等相关证据。如果发生劳动争议，这些证据将有助于维护自己的合法权益。同时，用人单位也应规范用工管理，避免使用个人账户发放工资等可能引发争议的行为。
综上所述，公司法人发工资并不能直接确定或否定劳动关系的存在。在处理此类问题时，应秉持全面、客观、公正的原则，结合其他证据和实际情况进行综合判断。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。