结论前置：在大多数情况下，合同单方盖章扫描件上再由另一方盖章，这样的合同是有效的，但前提是满足一系列法律要求和实际操作中的验证标准。下面我将从多个角度详细分析这个问题。
一、法律效力与形式要求
书面形式的要求：
- 根据《中华人民共和国民法典》第四百六十九条，书面形式包括合同书、信件、电报、电传、传真等可以有形地表现所载内容的形式，以及电子数据交换、电子邮件等能够有形地表现所载内容并可以随时调取查用的数据电文。因此，合同单方盖章扫描件，在形式上符合书面合同的要求，只要它能够清晰地表现合同内容，并可以随时调取查用。
合同生效的条件：
- 合同的生效需要满足《中华人民共和国民法典》第一百四十三条规定的条件，即行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。只要合同内容符合这些要求，无论是以原件还是扫描件形式存在，合同都可以生效。
二、双方真实意图的表达
- 合同的有效性首先取决于双方的真实意愿。如果双方都明确同意以电子形式（包括扫描件）签订合同，并认可这种盖章方式，那么这不会影响合同的效力。关键在于双方是否就合同条款达成了一致的意思表示，并且这种意思表示是真实的、自愿的。
三、合同内容的合法性
- 合同的内容必须清晰、明确，并且符合相关法律法规的要求。任何模糊、不明确或违法的内容都可能导致合同无效。因此，在签订合同时，双方应仔细审查合同条款，确保它们不违反任何法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗。
四、证据保存与证明力
扫描件的证明力：
- 虽然扫描件作为合同的一种形式在法律上是认可的，但在发生纠纷时，其证明力可能相对较弱。因为扫描件作为图片形式存在，技术上可被篡改，所以对方可能会对扫描件的真实性提出质疑。
增强证明力的措施：
- 为避免潜在争议，建议在条件允许的情况下交换原始合同文本存档。同时，应采取适当的措施来保存和备份合同文件，如使用数字签名、时间戳等技术手段来确保合同的完整性和真实性。这些措施可以增强扫描件的证明力，使其在需要时能够作为有效证据使用。
五、实际操作中的建议
优先使用原件：
- 为降低法律风险，建议在签订重要合同时尽量采用当面签订纸质合同并交换原件的方式。这样可以确保合同的真实性和完整性，避免因扫描件可能存在的篡改风险而引发的纠纷。
明确约定法律效力：
- 如果确实需要使用扫描件签订合同，可以在合同中明确约定其法律效力，并说明在何种情况下扫描件与原件具有同等效力。这有助于在发生纠纷时明确双方的权利和义务。
结合其他证据：
- 在合同履行过程中，应保留相关记录（如发货单、付款凭证等），以便在发生纠纷时能够结合这些证据来证明合同的真实性和有效性。这些证据可以与扫描件相互印证，形成完整的证据链条。
总结与进一步建议：合同单方盖章扫描件上再盖章，在满足相关法律要求和实际操作验证标准的情况下是有效的。然而，考虑到其潜在的证据效力问题，建议在实践中谨慎使用，并尽可能采取额外措施确保其真实性和完整性。如果您在合同签订或履行过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。