针对您提出的“合同扫描件盖的合同章原件盖的公章是否有效”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

首先，我们需要明确合同原件与扫描件在法律上的区别。合同原件是指经双方当事人协商一致后签字或盖章的合同文本，它具有最直接的法律证明力，是法院定案的重要依据。而扫描件，则是通过技术手段对合同原件进行扫描或拍照后得到的复印件，它虽然可以重现合同的内容，但在法律上并不等同于原件。

接下来，我们分析扫描件在法律上的效力。根据《民事诉讼法》等相关规定，书证应当提供原件，无法与原件核对的复制件、复制品不能单独作为认定案件事实的根据。这意味着，在一般情况下，仅凭合同扫描件是无法单独作为认定合同效力的证据的。然而，如果扫描件在传输过程中形成了符合条件的电子数据，如通过电子邮件、微信等网络传输方式沟通往来扫描件，并形成了包含合同扫描件在内的聊天记录等电子数据证据，且这些电子数据符合原件认定的因素（如真实性、完整性、关联性等），那么这些电子数据可以被视为原件，具有原件的证据效力。

现在，我们回到您的问题本身。合同扫描件上盖的是合同章，而您询问的是如果这份扫描件上“原本应该盖合同章的位置”却盖了公章（假设这种假设情况存在，实际中应避免此类混淆），其效力如何。首先，我们要明确的是，无论是合同章还是公章，在合同上盖章都是表示双方对合同内容的认可和承诺。但关键在于，我们讨论的是扫描件的效力，而非章的种类。扫描件本身，如前所述，并不具有原件的法律证明力，除非它能形成符合条件的电子数据证据。

进一步地，即使扫描件上盖的是公章（在假设的情境下），这并不改变扫描件作为复印件的法律属性。公章的使用确实增加了合同的真实性和权威性，但在扫描件的情况下，这种增加并不足以使其单独作为认定合同效力的证据。除非该扫描件能与其他证据（如电子数据证据）结合，共同证明合同的真实性和有效性。

因此，合同扫描件上盖的合同章或公章（在假设的混淆情况下），本身并不能使扫描件具有原件的法律证明力。要使扫描件具有法律效力，需要确保其能形成符合条件的电子数据证据，或者与其他证据结合使用，以证明合同的真实性和有效性。

最后，建议您在签订合同时，尽量使用原件进行签字或盖章，并妥善保管好合同原件。如果确实需要通过扫描件进行传输或保存，请确保扫描件的真实性和完整性，并尽可能结合其他证据（如电子数据证据）来证明合同的真实性和有效性。