关于您提出的“让员工办理食品经营许可证是否合法”的问题，这实际上涉及到了食品经营许可的申请主体和办理流程。首先，我们需要明确的是，食品经营许可证的申请和办理应当由具备合法主体资格的单位或个人进行，而不是由员工个人名义去办理。

一、申请主体

根据《食品经营许可管理办法》及相关法律法规，申请食品经营许可的主体应当是：

1. 企业法人、合伙企业、个人独资企业、个体工商户等，以营业执照载明的主体作为申请人。
2. 机关、事业单位、社会团体、民办非企业单位、企业等申办单位食堂的，以机关或者事业单位法人登记证、社会团体登记证或者营业执照等载明的主体作为申请人。

二、员工角色

员工在食品经营许可的办理过程中，通常扮演的是协助或执行的角色，而不是申请主体。具体来说，员工可能负责：

1. 准备和提交申请材料：如食品经营许可申请书、营业执照复印件、与食品经营相适应的主要设备设施布局和操作流程等文件。
2. 配合市场监管部门的现场核查：确保经营场所符合食品安全要求，如环境整洁、设备设施齐全等。
3. 执行食品安全管理制度：如食品安全自查、从业人员健康管理、进货查验记录等。

三、合法性分析

1. 员工个人名义办理不合法：因为食品经营许可证的申请主体必须是具备合法主体资格的单位或个人，员工个人不具备这样的资格，所以以员工个人名义去办理食品经营许可证是不合法的。
2. 单位委托员工办理合法：如果单位委托员工以单位名义去办理食品经营许可证，并提供了相应的授权委托书和身份证明文件，那么这种办理方式是合法的。

四、建议

1. 明确申请主体：在办理食品经营许可证前，应明确申请主体，确保是由具备合法主体资格的单位或个人进行申请。
2. 准备齐全材料：按照市场监管部门的要求，准备齐全申请材料，并确保材料的真实性和准确性。
3. 配合现场核查：在市场监管部门进行现场核查时，应积极配合，确保经营场所符合食品安全要求。

综上所述，让员工以个人名义去办理食品经营许可证是不合法的，但单位可以委托员工以单位名义去办理，并确保办理过程的合法性和合规性。希望这个解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。