结论：员工犯罪且拒绝公司工作安排时，公司停发其工资是否违法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

一、员工犯罪但未被依法追究刑事责任或未被限制人身自由的情况

1. 法律背景：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工有提供劳动的义务，公司有支付工资的义务。
   • 员工犯罪并不直接导致其丧失获得工资的权利，除非该犯罪行为直接违反了公司的规章制度或劳动合同中的明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定。

2. 法律建议：

   • 如果员工犯罪但未被依法追究刑事责任，或虽被追究但未被限制人身自由（如取保候审等），且其拒绝工作安排无正当理由，公司不能直接停发工资。
   • 公司应首先与员工沟通，了解其拒绝工作的原因，并尝试协商解决。如果员工无正当理由拒绝工作，公司可以依据公司规章制度或劳动合同进行相应处理，如警告、罚款、解除劳动合同等，但不应直接停发工资。

二、员工犯罪且被依法追究刑事责任并被限制人身自由的情况

1. 法律背景：

   • 如果员工因犯罪被依法追究刑事责任并被限制人身自由（如拘留、逮捕、服刑等），则其无法履行提供劳动的义务。
   • 在此情况下，公司可以根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，与员工解除劳动合同，并无需支付解除劳动合同后的工资。
   • 如果公司选择不解除劳动合同，而是等待员工服刑完毕归来工作，那么在员工服刑期间，公司无需支付工资，但应保留其劳动关系，并在员工归来后恢复其工作。

2. 法律建议：

   • 如果员工因犯罪被依法追究刑事责任并被限制人身自由，公司应评估是否继续维持劳动关系。如果决定解除劳动合同，应依法进行，并办理相关手续。
   • 如果公司选择等待员工归来，应明确告知员工其服刑期间的工资支付情况，并在员工归来后及时恢复其工作。

三、员工拒绝工作安排但未构成犯罪或犯罪与拒绝工作无直接关联的情况

1. 法律背景：

   • 如果员工拒绝工作安排但并未构成犯罪，或者其犯罪行为与拒绝工作无直接关联，那么公司不能因其拒绝工作而停发工资。
   • 员工拒绝工作可能构成违反公司规章制度或劳动合同的行为，但公司应依据相关规定进行处理，而不是直接停发工资。

2. 法律建议：

   • 公司应首先与员工沟通，了解其拒绝工作的原因，并尝试协商解决。
   • 如果员工无正当理由拒绝工作，公司可以依据公司规章制度或劳动合同进行相应处理，如警告、罚款、调整工作岗位等，但不应直接停发工资。

可能法律后果：

• 如果公司未经合法程序直接停发员工工资，可能构成违法解除劳动合同或拖欠工资的行为，员工有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，要求公司支付工资及可能的经济补偿或赔偿金。

进一步思考：

• 公司在处理此类问题时，应充分考虑法律法规的强制性规定和公司规章制度的具体内容，确保处理方式的合法性和合理性。
• 公司应加强与员工的沟通，了解员工的真实想法和需求，尝试通过协商解决问题，避免不必要的法律纠纷。

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