结论：单位欠您工作时间，用扣年假的方式来偿还，这一做法是否合理，需分情况讨论。一般情况下，单位不能单方面将欠的工作时间用扣年假来抵消，除非与您协商一致或符合特定法定情形。以下是对此问题的详细分析：
一、年假的性质与规定
年假是劳动者依法享有的休息休假权利，根据《职工带薪年休假条例》的规定，职工在连续工作满一定年限后，有权享受带薪年休假。年假的安排应当遵循单位与职工协商的原则，单位因生产、工作特点确有必要跨年度安排职工年休假的，可以跨1个年度安排，但应征得职工本人同意。
二、单位欠工作时间的处理
协商解决：如果单位确实因为特殊原因欠了您的工作时间，首先应当与您进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。这可能包括调整工作时间、安排补休或者支付加班费等。
法定情形：在特定情况下，如因自然灾害、事故灾难等不可抗力因素导致单位无法正常安排工作，单位可能需要根据相关规定与您协商处理欠的工作时间问题。但即便如此，也不能单方面决定用扣年假来抵消。
三、扣年假抵消欠工作时间的合理性分析
未经协商的单方面决定不合理：如果单位未经与您协商，就单方面决定用扣年假的方式来抵消欠的工作时间，这一做法是不合理的。因为年假是您的法定权利，单位无权擅自剥夺或变更。
协商一致的情况：如果单位与您进行了充分协商，并且您同意用扣年假的方式来抵消欠的工作时间，那么这一做法在双方自愿的基础上是合理的。但需要注意的是，这种协商应当是平等、自愿的，不能存在欺诈、胁迫等情形。
特定法定情形的例外：虽然一般情况下单位不能单方面扣年假，但在某些特定法定情形下，如您因个人原因（如事假、病假等）已经享受了相应的休假待遇，且这些休假待遇与年假存在重叠或冲突时，单位可能根据相关规定进行调整。但这种情况并不等同于单位欠您工作时间然后用扣年假来抵消。
四、建议与措施
与单位协商：如果您发现单位存在欠工作时间并用扣年假来抵消的情况，首先应当与单位进行沟通协商，寻求合理的解决方案。
保留证据：在协商过程中，注意保留相关证据，如工作记录、考勤表、年假安排通知等，以便在需要时维护自己的合法权益。
寻求法律援助：如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉或者寻求法律援助，通过法律途径来维护自己的合法权益。
最后，年假是您的法定权利，单位应当尊重并保障您的这一权利。如果单位存在欠工作时间并用扣年假来抵消的情况，您有权提出异议并寻求合理的解决方案。如果您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。