在起诉“小三”的案件中，能否申请调查其买房资金来源，需分情况讨论，具体如下：

1. 若以“返还夫妻共同财产”为由起诉
   根据《民法典》第1062条，夫妻在婚姻关系存续期间所得的财产（如工资、投资收益等）为共同财产，双方享有平等处理权。若“小三”获得的购房资金来源于您配偶的夫妻共同财产（如配偶擅自转款、赠与房产等），您作为配偶一方有权起诉要求返还。
   调查资金来源的可行性：

   • 法院可能依职权或依申请调查资金流向（如银行流水、转账记录等），以确认资金是否来自夫妻共同财产。
     
   • 您需提供初步证据（如配偶与“小三”的转账记录、房产登记信息等），证明资金转移与夫妻共同财产有关联，法院才会启动调查程序。
     

2. 若以“侵犯财产权”或“不当得利”为由起诉
   若“小三”明知资金来源于您配偶的夫妻共同财产仍接受，可能构成不当得利或侵犯财产权。此时，调查资金来源是证明“小三”主观恶意及财产转移事实的关键。
   调查资金来源的可行性：

   • 法院可能要求“小三”举证证明资金合法来源（如自有资金、借款等），若其无法证明，则推定资金来源不合法。
     
   • 您可通过申请法院调查令，要求银行、支付机构等提供资金流水，或通过律师调查取证权获取相关证据。
     

3. 若以“重婚”或“破坏婚姻关系”为由起诉（需注意法律限制）
   目前，我国法律未将“通奸”“婚外情”等行为纳入刑事或行政处罚范围，仅重婚行为可能构成犯罪。若以“重婚”起诉，需证明“小三”与您配偶以夫妻名义共同生活（如同居、举办婚礼等），而购房资金来源通常不直接作为重婚的证据，但可能作为辅助证明财产转移的情节。

操作建议：

• 收集初步证据：如配偶与“小三”的转账记录、房产登记信息、聊天记录等，证明资金转移与夫妻共同财产有关联。
  
• 向法院申请调查令：在起诉时或诉讼过程中，向法院申请调查“小三”的银行流水、房产交易记录等，以固定资金来源证据。
  
• 注意诉讼策略：若主要目的是追回财产，建议以“返还夫妻共同财产”为由起诉，效率更高；若涉及重婚，需另行收集证据并考虑刑事报案。
  

风险提示：

• 调查资金来源可能涉及“小三”的隐私权，法院会平衡隐私权与财产权保护，仅在必要范围内调查。
  
• 若资金来源合法（如“小三”自有资金或借款），您的诉求可能不被支持。
  

如有进一步疑问或需具体操作指导，可直接向我咨询。