书记员辞职后，一般不可以在原单位代理诉讼案件。以下从几个方面进行详细分析：

一、法律职业的回避与利益冲突原则

在法律职业中，回避和利益冲突是重要的原则。书记员作为法院的工作人员，在任职期间会接触到大量的案件信息和内部工作机制。如果辞职后立即在原单位代理诉讼案件，可能会引发对案件公正性的质疑，因为原书记员可能利用其在任职期间获得的信息或影响力来影响案件的走向。

二、律师执业的特定限制

1. 《律师法》及相关规定：虽然《律师法》没有直接规定书记员辞职后不能在原单位代理案件，但律师在执业过程中需要遵守一系列的职业道德和执业纪律，其中包括避免利益冲突和保持案件的公正性。如果书记员辞职后成为律师，并在原单位代理案件，这可能会违反律师的职业道德和执业纪律。

2. 法院内部规定：许多法院会有内部规定，限制或禁止原法院工作人员在辞职后的一定期限内（如一年或两年）在原单位代理案件。这些规定旨在维护法院的公正性和权威性，防止原工作人员利用其在法院的工作经历和关系来影响案件的审理。

三、实际操作中的考虑

1. 法院的态度：即使法律没有明确禁止，法院也可能对原书记员在辞职后代理原单位案件持谨慎态度。法院可能会考虑案件的公正性、公众对法院的信任度以及原书记员在法院的工作经历等因素。

2. 当事人的利益：从当事人的角度来看，他们可能不希望由原法院工作人员代理他们的案件，因为这可能会引发对案件公正性的担忧。

四、建议与注意事项

1. 遵守职业道德和执业纪律：如果书记员辞职后成为律师，应严格遵守律师的职业道德和执业纪律，避免在任何情况下利用其在法院的工作经历和关系来影响案件的审理。

2. 了解并遵守法院内部规定：在代理案件前，应了解并遵守法院关于原工作人员代理案件的内部规定。

3. 考虑当事人的利益：在选择是否代理原单位案件时，应充分考虑当事人的利益，避免因个人原因而损害当事人的权益。

总结来说，书记员辞职后，由于法律职业的回避与利益冲突原则、律师执业的特定限制以及实际操作中的考虑，一般不可以在原单位代理诉讼案件。如果有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律解答。