针对您提出的“合同规定6%的发票，对方给了3%的票，该怎么处理”这一问题，核心结论是：您有权要求对方按照合同约定重新开具6%的发票，若对方拒绝，您可以通过协商、投诉或法律途径解决。以下是详细分析：

1. 合同约定优先原则
   根据《民法典》第五百零九条，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。合同中明确约定了发票税率为6%，对方开具3%的发票属于未完全履行合同义务，您有权要求对方重新开具符合约定的发票。

2. 税务合规性要求
   从税务角度，发票的税率需与实际交易内容匹配。若合同约定的服务或货物适用6%税率（如现代服务业、增值税一般纳税人销售货物等），对方开具3%发票可能涉及虚开发票或税率适用错误，存在税务风险。您可向对方说明税务合规的重要性，要求其纠正。

3. 具体处理步骤

   • 第一步：与对方沟通
     以书面形式（如邮件、函件）明确指出合同约定及发票问题，要求对方在指定期限内重新开具6%的发票，并保留沟通记录作为证据。
     
   • 第二步：协商解决方案
     若对方因客观原因（如税率政策调整）无法开具6%发票，可协商调整合同价款（如扣除税差部分）或补充签订变更协议，但需确保变更内容合法合规。
     
   • 第三步：投诉或举报
     若对方拒绝配合，可向当地税务机关举报其涉嫌虚开发票或未按规定开具发票的行为（《税收征收管理法》第六十一条），税务机关将介入调查并责令整改。
     
   • 第四步：法律途径
     若因发票问题导致您无法抵扣税款或遭受其他损失（如多缴纳税款、无法向下游客户交票等），可依据《民法典》第五百七十七条要求对方承担违约责任，包括赔偿损失、继续履行等。

4. 注意事项

   • 核实合同条款：确认合同中是否明确约定了发票类型（如增值税专用发票）、税率及开具时间，避免因条款模糊引发争议。
     
   • 保留证据：包括合同、发票、沟通记录、税务申报记录等，以证明对方违约及您因此遭受的损失。
     
   • 及时处理：发票问题可能影响您的税务申报和成本抵扣，建议尽快解决，避免逾期产生滞纳金或罚款。

若您在处理过程中遇到具体操作问题（如如何与税务机关沟通、如何计算损失等），可进一步向我咨询，我将结合您的实际情况提供详细指导。