当刑事案件在报案时已经超过追诉时效，公安机关会根据相关法律法规进行特定处理。以下是对此问题的详细解答：

一、处理原则与法律依据

首先，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条的规定，若案件已超过追诉时效期限，公安机关不应再追究刑事责任。这是基于法律对追诉时效的明确规定，旨在维护法律的公正性和权威性，同时避免对已过时效的犯罪进行不必要的刑事追究，以节约司法资源并保障当事人的合法权益。

二、追诉时效期限的具体规定

《中华人民共和国刑法》第八十七条详细规定了追诉时效期限，它是根据犯罪行为的法定最高刑来确定的。具体来说：

• 法定最高刑为不满五年有期徒刑的，追诉时效期限为五年；
• 法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，追诉时效期限为十年；
• 法定最高刑为十年以上有期徒刑的，追诉时效期限为十五年；
• 法定最高刑为无期徒刑、死刑的，追诉时效期限为二十年。若二十年后仍需追诉，必须报请最高人民检察院核准。

三、公安机关的具体处理方式

1. 不予立案：在受理报案、控告、举报或发现犯罪线索后，公安机关会进行初步审查。若发现犯罪已过追诉时效期限，公安机关将依法作出不予立案的决定，并以书面形式通知报案人。

2. 撤销案件：若在立案后的侦查过程中发现犯罪已过追诉时效，公安机关应立即撤销案件，终止对该犯罪行为的刑事追究程序。同时，如果已对犯罪嫌疑人采取了相关强制措施（如拘留、逮捕等），也应及时解除。

四、特殊情况下的追诉

尽管存在追诉时效的规定，但在以下特殊情况下，公安机关仍有权追究犯罪分子的刑事责任，不受追诉时效的限制：

• 在司法机关立案后，犯罪人员逃避侦查或审判的。这种情况下，即使案件已过追诉时效，公安机关仍可依法追诉。
• 在追诉期限内，司法机关应立案而不立案的。这同样意味着犯罪分子不能因司法机关的疏忽或错误而逃避法律制裁。

五、总结与建议

综上所述，当刑事案件报案时已经超过追诉时效，公安机关应依法不予立案或撤销案件，除非存在特殊情况不受追诉时效限制。在实际操作中，公安机关会严格遵循相关法律法规的规定，确保司法公正与效率。如果您对此类问题有进一步的疑问或需要更详细的法律意见，建议咨询专业的法律人士或机构。