针对您提出的“公司注册在境外、员工在国内上班，如何申请劳动仲裁”的问题，核心结论是：员工仍可依据中国劳动法律法规，向公司实际经营地或劳动合同履行地的劳动仲裁机构申请仲裁，但需注意证据收集和法律适用问题。以下是具体分析：

1. 仲裁管辖地的确定

根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十一条，劳动仲裁由劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会管辖。

• 若公司虽注册在境外，但实际经营地或办公地在中国境内（如在国内设有分支机构、办事处或固定办公场所），员工可直接向该地的劳动仲裁委申请仲裁。
  
• 若公司在中国境内无实际经营地，但员工劳动合同履行地在中国（即实际工作地在国内），员工可向劳动合同履行地的劳动仲裁委申请仲裁。
  
• 关键点：需证明公司在中国境内有实际经营行为（如签订合同、发放工资、缴纳社保等），或劳动合同履行地在国内（如工作证明、考勤记录等）。

2. 法律适用的核心依据

• 中国劳动法优先：根据《中华人民共和国涉外民事关系法律适用法》第四十三条，若劳动关系具有中国境内因素（如工作地点、工资发放地、社保缴纳地等），中国劳动法律法规将优先适用。
  
• 例外情形：若劳动合同中明确约定适用外国法律，且该约定不违反中国法律强制性规定或公共秩序，可能适用外国法律。但实践中，劳动仲裁机构通常以中国法律为准，尤其是涉及最低工资、工时、社保等强制性规定时。

3. 申请仲裁的关键步骤

1. 准备证据材料：
   
   • 证明劳动关系：劳动合同、工资条、社保记录、工作证、考勤记录等。
     
   • 证明公司实际经营地：公司注册信息、国内办公地址证明、业务往来记录等。
     
   • 仲裁请求依据：如未签合同的双倍工资、拖欠工资、经济补偿金等计算依据。
     
2. 提交仲裁申请：
   
   • 向有管辖权的劳动仲裁委提交书面申请（一式两份），并附证据清单。
     
   • 仲裁委受理后，会安排调解或开庭审理。
     
3. 参与仲裁程序：
   
   • 按时参加调解或庭审，陈述事实、提交证据、回应对方主张。
     
   • 若对裁决不服，可在15日内向法院起诉。

4. 特殊风险提示

• 公司境外注册的影响：若公司在中国境内无资产，即使仲裁胜诉，执行阶段可能面临困难。建议提前调查公司国内资产（如银行账户、房产、车辆等），或申请财产保全。
  
• 涉外因素复杂性：若涉及跨国法律适用或境外证据调取，可能增加仲裁难度。必要时可委托律师协助处理。

总结建议

若公司注册在境外但员工在国内上班，员工仍可依法向国内劳动仲裁机构申请仲裁，关键在于证明劳动关系和管辖地。建议优先收集劳动合同、工资记录等证据，并咨询专业律师以制定具体策略。如有进一步问题，可直接向我提问，我会结合您的具体情况提供更详细的解答。