结论：公司装卸工在工作期间昏迷不醒，医院诊断为自发性疾病，是否会被认定为工伤，需根据具体情况判断，若该自发性疾病与工作有直接关联或由工作引发，则有可能被认定为工伤；若与工作无直接关联，则一般不被认定为工伤。以下从不同角度进行分析：

一、工伤认定的基本原则

根据《工伤保险条例》的相关规定，工伤认定主要遵循“三工”原则，即工作时间、工作场所、因工作原因。若员工在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害，或者从事与工作有关的预备性或者收尾性工作受到事故伤害，以及因履行工作职责受到暴力等意外伤害的，应当认定为工伤。

二、自发性疾病与工伤的关系

1. 自发性疾病与工作无直接关联：

   • 若装卸工的自发性疾病（如突发心脏病、脑溢血等）与工作无直接关联，即该疾病并非由工作原因引发，也不是在从事与工作有关的预备性或收尾性工作时发生，那么该情况一般不被认定为工伤。
   • 例如，装卸工本身患有高血压，在工作期间因情绪激动或劳累过度导致脑溢血，但若该高血压并非由工作原因引起，且脑溢血的发生也非直接由工作导致，则可能不被认定为工伤。

2. 自发性疾病与工作有直接关联：

   • 若装卸工的自发性疾病与工作有直接关联，即该疾病是由工作原因引发，或者是在从事与工作有关的预备性或收尾性工作时发生，那么该情况有可能被认定为工伤。
   • 例如，装卸工在搬运重物时，因用力过度导致腰椎间盘突出，进而引发下肢瘫痪等严重后果，虽然腰椎间盘突出可能属于自发性疾病范畴，但因其是在工作过程中因工作原因引发，故有可能被认定为工伤。

三、工伤认定的具体流程

1. 申请工伤认定：

   • 员工或其近亲属应在事故伤害发生之日起1年内，向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
   • 申请时需提交工伤认定申请表、与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料、医疗诊断证明或者职业病诊断证明书（或者职业病诊断鉴定书）等材料。

2. 社会保险行政部门审核：

   • 社会保险行政部门会对申请材料进行审核，并根据需要调查核实有关情况。
   • 若申请材料完整且符合工伤认定条件，社会保险行政部门会作出工伤认定决定，并书面通知申请工伤认定的职工或者其近亲属和该职工所在单位。

四、建议与注意事项

1. 及时申请工伤认定：

   • 员工或其近亲属应在规定时间内及时申请工伤认定，以免错过申请时效。

2. 保留相关证据：

   • 在申请工伤认定过程中，应保留好与工作有关的证据材料，如工作记录、医疗诊断证明等，以便证明疾病与工作的关联性。

3. 咨询专业律师：

   • 若对工伤认定流程或结果有疑问，可咨询专业律师以获取更详细的法律建议和指导。不过，在这里你已经直接向我咨询了，我会尽我所能为你提供帮助。

综上所述，公司装卸工在工作期间昏迷不醒，医院诊断为自发性疾病，是否会被认定为工伤需根据具体情况判断。若该疾病与工作有直接关联或由工作引发，则有可能被认定为工伤；若与工作无直接关联，则一般不被认定为工伤。如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。