结论：公司不批准身体不舒服的请假并扣3天工资的行为，一般是不合法的，但具体还需根据请假类型、公司规章制度以及相关法律法规来综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
从请假类型与法律规定角度
病假：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，企业应当根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予一定的医疗期。在医疗期内，企业不得解除劳动合同，且应当按照规定支付病假工资或疾病救济费。
- 病假工资的计算通常不低于当地最低工资标准的80%（具体比例可能因地区而异）。因此，如果员工请的是病假，且符合医疗期的规定，公司不批准并扣工资的行为显然是不合法的。
事假：
- 事假通常指员工因个人原因需要请假，如处理私事等。对于事假，公司有权根据自身的规章制度来决定是否批准以及是否扣工资。
- 但即便如此，公司的规章制度也应当合法合理，不能随意扣减员工工资。如果公司的规章制度中明确规定了事假的审批流程和工资扣减标准，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照规章制度执行是合法的。然而，如果规章制度中没有相关规定，或者规定不合理，公司随意扣工资就可能构成违法。
从公司规章制度角度
- 公司的规章制度是公司内部管理的重要依据，但必须符合法律法规的规定。如果公司的规章制度中关于请假和工资扣减的规定与法律法规相抵触，那么这些规定是无效的。
- 例如，如果公司规章制度规定“员工请假一律不批，且扣3天工资”，这样的规定显然是不合法的，因为它侵犯了员工的合法权益。
法律建议与可能后果
与公司协商：
- 首先，你可以尝试与公司进行协商，说明你的身体状况和请假需求，争取公司的理解和支持。如果公司坚持不批准并扣工资，你可以要求公司出示相关的规章制度依据。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉公司的违法行为。劳动监察部门有权对公司的违法行为进行调查和处理，并保护你的合法权益。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果劳动监察部门的处理结果不能满足你的需求，你还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼，通过法律途径来维护自己的合法权益。
示例：假设你因感冒发烧需要请假一天去看医生，你向公司提交了病假申请，但公司以“业务繁忙”为由不批准，并决定扣你3天工资。在这种情况下，你可以先与公司协商，说明你的病情和请假必要性。如果公司仍然坚持不批准并扣工资，你可以向劳动监察部门投诉公司的违法行为，并要求公司支付你应得的病假工资。
进一步思考：在处理此类问题时，你还需要注意保留相关证据，如请假申请、医疗证明、工资条等，以便在需要时证明自己的权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。