针对您提出的“员工自动离职后工资应该怎样发放”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、工资支付的基本原则
根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且在劳动关系解除或终止时，用人单位有义务一次性付清劳动者应得的工资。这一原则同样适用于员工自动离职的情况，即无论离职原因如何，用人单位都应确保员工获得其应得的工资报酬。
二、自动离职后的工资发放
工资结算：
- 员工自动离职后，用人单位应根据员工实际工作的天数和双方约定的工资标准进行工资结算。这包括员工在离职前已提供正常劳动的天数所对应的工资，以及任何未结算的加班费、奖金等。
- 例如，若员工每月工资为5000元，按21.75天计薪，若员工在月中离职，实际工作了10天，则应得工资约为（5000÷21.75）×10 = 2298.85元。
支付时间：
- 工资的支付时间应遵循劳动合同或公司规定。通常，用人单位会在离职后的下一个发薪日或双方约定的时间内支付工资。若劳动合同或公司有明确说明离职员工的工资结算方式和时间，则必须按照该规定执行。
扣除限制：
- 若员工自动离职给用人单位造成了经济损失，用人单位有权要求赔偿。但赔偿不能随意从工资中扣除，必须遵循法定程序与限制。具体来说，每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
三、特殊情况处理
未休假期：
- 员工离职时，若存在未休的假期（如年假、病假等），用人单位应根据相关规定或劳动合同约定，将未休假期的工资或补偿一并结算给员工。
加班费：
- 若员工在离职前存在未结算的加班费，用人单位也应一并支付。加班费应按照国家规定的标准进行计算，并确保员工获得其应得的报酬。
四、法律保障与救济途径
- 员工的工资权益受到法律的严格保护。若用人单位无故克扣或拖欠工资，员工有权向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
五、总结与建议
- 员工自动离职后，用人单位应严格按照法律规定和劳动合同约定支付工资，并确保所有未结算的工资项目得到妥善处理。
- 为避免纠纷，建议用人单位在员工离职时与其进行明确的工资结算，并保留好相关证据（如工资条、考勤记录等）。
- 若员工对工资发放有异议，建议双方首先进行协商沟通；若协商不成，可寻求法律途径解决。
希望以上解答能对您有所帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时咨询。