根据我国现行税法规定，员工工资薪金所得每月扣除5000元基本减除费用后，余额超过部分需缴纳个人所得税，具体税率采用超额累进方式计算。以下是详细说明：

1. 起征点与应纳税所得额计算
   根据《个人所得税法》第六条，居民个人综合所得（含工资薪金）以每月收入额减除费用5000元、专项扣除（如社保公积金）、专项附加扣除（如子女教育、赡养老人等）后的余额为应纳税所得额。
   示例：若月工资10000元，社保公积金扣除2000元，无专项附加扣除，则应纳税所得额=10000-5000-2000=3000元。

2. 税率与速算扣除数
   应纳税所得额按3%-45%的超额累进税率计算，具体如下：

   • 不超过36000元部分：3%税率，速算扣除数0
     
   • 36000-144000元部分：10%税率，速算扣除数2520
     
   • （更高档位略，实际计算中系统自动适用）
     接上例：3000元适用3%税率，应纳税额=3000×3%-0=90元。

3. 特殊情形说明

   • 非居民个人：按月计算，不扣除专项附加扣除，起征点仍为5000元/月。
     
   • 全年一次性奖金：可选择单独计税（按月度税率表）或并入综合所得计税，需根据具体情况优化选择。
     
   • 税收优惠政策：如残疾人员工、烈属等可享受减征优惠，需提供证明材料。

建议：

1. 可通过“个人所得税”APP查询个人专项附加扣除信息，确保扣除完整；
   
2. 若涉及全年奖金或跨月收入，建议提前规划计税方式以降低税负；
   
3. 如有复杂情况（如多处收入、境外所得），可进一步向我咨询具体税务筹划方案。