在仲裁庭内部对鉴定申请意见不一致的情况下，通常可以按照以下方式处理：

1. 首席仲裁员组织讨论并作出决定
   根据《仲裁法》及相关仲裁规则，首席仲裁员或仲裁庭庭长有权组织仲裁庭成员进行充分讨论，就鉴定申请的必要性、相关性及可行性进行深入分析。在讨论过程中，各仲裁员应充分陈述意见，首席仲裁员在综合各方意见后，根据多数仲裁员的意见作出决定。若形成多数意见，则按多数意见处理；若无法形成多数意见，则由首席仲裁员最终决定是否准许鉴定申请。

2. 依据仲裁规则或内部程序处理分歧
   不同仲裁机构可能有特定的仲裁规则或内部程序来处理此类分歧。例如，某些仲裁规则可能规定，在仲裁庭内部意见不一致时，应提交仲裁委员会主任作出决定，或通过特定程序（如专家咨询、补充证据审查等）来辅助裁决。因此，仲裁庭应首先查阅并遵循相关仲裁规则或内部程序的规定。

3. 考虑鉴定申请的实质影响与成本效益
   仲裁庭在决定是否准许鉴定申请时，还应考虑鉴定对案件实质性解决的影响以及鉴定所需的成本和时间。如果鉴定对案件结果具有决定性作用，且成本和时间在可接受范围内，则更倾向于准许鉴定申请；反之，如果鉴定对案件结果影响不大，或成本过高、时间过长，则可能拒绝鉴定申请。

4. 保障当事人的程序权利
   在处理鉴定申请分歧时，仲裁庭应确保当事人的程序权利得到充分保障。这包括给予当事人充分陈述意见的机会、允许当事人提供相关证据或专家意见等。通过保障当事人的程序权利，可以增强仲裁裁决的公正性和可接受性。

总结与建议：仲裁庭内部对鉴定申请意见不一致时，应首先通过讨论形成多数意见或由首席仲裁员作出决定；同时，应遵循相关仲裁规则或内部程序的规定，并考虑鉴定申请的实质影响与成本效益；最后，应确保当事人的程序权利得到充分保障。如有具体案件或复杂情况，建议直接向我咨询，以便提供更具体的法律建议。