如果对工程纠纷仲裁中的鉴定意见不服，可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

1. 在仲裁过程中提出异议：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国仲裁法》及相关仲裁规则，当事人在仲裁过程中有权对鉴定意见提出异议。这通常要求在收到鉴定意见后的规定时间内（如10日或15日，具体依据仲裁规则）向仲裁庭提交书面异议。
   • 操作建议：应详细阐述不服鉴定意见的理由，包括但不限于鉴定程序违法、鉴定依据不足、鉴定结论与事实不符等，并提供相应的证据材料支持自己的观点。

2. 申请重新鉴定：

   • 条件：如果异议被仲裁庭驳回，或者认为鉴定意见存在严重错误，影响案件公正裁决，可以向仲裁庭申请重新鉴定。
   • 注意事项：重新鉴定并非随意进行，需要满足一定的条件，如原鉴定机构或鉴定人员不具备相应资质、鉴定程序严重违法、鉴定结论明显依据不足等。同时，重新鉴定通常需要提供充分的理由和证据，以说服仲裁庭同意重新鉴定。

3. 在仲裁裁决后寻求司法救济：

   • 申请撤销仲裁裁决：如果仲裁裁决已经作出，且认为鉴定意见是导致裁决不公的重要原因，可以在收到裁决书之日起六个月内向仲裁委员会所在地的中级人民法院申请撤销裁决。
   • 提起诉讼：在特定情况下，如仲裁协议无效、裁决事项不属于仲裁协议范围等，还可以直接向人民法院提起诉讼，请求法院对纠纷进行审理并作出判决。不过，这种情况相对较少见，且需要满足严格的法律条件。

4. 利用其他仲裁程序或机制：

   • 补充鉴定或质证：在仲裁过程中，如果认为鉴定意见存在不足或疑问，还可以请求仲裁庭安排补充鉴定或进行质证，以进一步查明事实。
   • 专家咨询：在仲裁过程中，可以聘请相关领域的专家作为顾问或证人，对鉴定意见进行专业评估或提供专业意见，以支持自己的主张。

行动建议：

• 及时行动：对鉴定意见不服时，应尽快采取行动，避免错过提出异议或申请重新鉴定的时限。
• 准备充分：在提出异议或申请重新鉴定时，应准备充分的证据材料和理由，以支持自己的观点。
• 咨询专业律师：虽然这里我提供了全面的法律建议，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，在处理此类纠纷时，建议直接向我咨询，以便根据案件的具体情况制定更合适的策略。

可能面临的法律后果：

• 如果未能及时提出异议或申请重新鉴定，可能会丧失在仲裁过程中纠正鉴定意见错误的机会。
• 如果仲裁裁决已经作出且未被撤销或变更，则该裁决具有法律效力，当事人需要履行裁决所确定的义务。如果拒不履行，可能会面临强制执行等法律后果。