当您对仲裁案件中的仲裁协议有异议时，可以按照以下清晰、详细的步骤来处理：

一、明确异议提出的时间与主体

1. 时间要求：

   • 根据《中华人民共和国仲裁法》及相关司法解释，您必须在仲裁庭首次开庭前提出对仲裁协议效力的异议。这是为了确保仲裁程序的顺利进行，避免在仲裁过程中因仲裁协议效力问题而引发不必要的争议和延误。

2. 提出主体：

   • 异议应由仲裁协议的当事人提出，即签订或参与仲裁协议的一方或多方。非仲裁协议当事人无权对仲裁协议效力提出异议。

二、选择适当的解决途径

1. 请求仲裁委员会决定：

   • 您可以直接向选定的仲裁委员会提交书面申请，请求其对仲裁协议的效力作出决定。
   • 仲裁委员会将依据相关法律法规和仲裁规则，对仲裁协议的有效性进行审查，并作出书面决定通知双方当事人。

2. 请求人民法院裁定：

   • 如果一方当事人请求仲裁委员会作出决定，而另一方当事人则有权请求人民法院裁定仲裁协议的效力。
   • 在这种情况下，人民法院将根据法律规定和案件事实，对仲裁协议的效力进行最终判定。
   • 需特别注意，若一方已请求仲裁委员会决定且其未依该决定行动，又向人民法院起诉的，法院通常不予受理（除非仲裁协议被确认无效）。

3. 特殊情况下的处理：

   • 如果当事人在仲裁庭首次开庭前未对仲裁协议效力提出异议，之后以协议无效为由主张撤销裁决或提出抗辩的，法院通常不予支持。
   • 仲裁机构对效力的确认决定并非终局性，当事人仍有权向法院申请确认，但必须在仲裁庭首次开庭前提出。

三、遵循法定程序与规则

1. 提交相关证据材料：

   • 在提出异议时，您应提交能够证明仲裁协议无效或存在瑕疵的证据材料，如合同文本、往来函件、电子邮件等，以支持您的异议主张。

2. 遵守仲裁规则：

   • 您应严格遵守仲裁委员会的仲裁规则和程序要求，包括提交异议申请的格式、期限等，配合仲裁庭的工作，确保仲裁程序的顺利进行。

3. 尊重裁决结果：

   • 无论是由仲裁委员会还是人民法院作出的决定，您都应予以尊重并执行。
   • 如对裁决结果不满，您可依法通过上诉（在法院裁定的情况下）或申请再审等途径寻求救济，但需注意相关法律程序和期限。

四、注意事项与建议

1. 及时提出异议：

   • 确保在规定的期限内提出仲裁协议效力异议，以免错过提出异议的最佳时机。

2. 准备充分证据：

   • 在提出异议时，提供充分的证据证明仲裁协议存在无效情形，如仲裁协议未成立、未生效、被伪造或被篡改等。

3. 尊重仲裁程序：

   • 即使您对仲裁协议效力有异议，也应尊重仲裁程序的规定和要求，配合仲裁庭的工作，以确保仲裁程序的顺利进行。

通过遵循上述步骤和注意事项，您可以有效地处理对仲裁案件中仲裁协议的异议问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请咨询专业律师或相关法律机构。