股东职务侵占100万元，即便其占股50%，仍构成职务侵占罪，需承担刑事责任，同时可能面临民事赔偿，具体分析如下：

1. 刑事责任层面
   根据《刑法》第271条，职务侵占罪的构成要件为：

   • 主体：公司、企业或其他单位的工作人员（包括股东）；
     
   • 行为：利用职务便利，将本单位财物非法占为己有；
     
   • 数额：数额较大（6万元以上）或数额巨大（100万元以上）。
     结论：股东侵占100万元已达“数额巨大”标准，依法应处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。占股比例不影响定罪，仅可能作为量刑情节（如退赃、认罪态度等）酌情考虑。

2. 民事责任层面

   • 公司追偿权：公司可通过民事诉讼要求股东返还侵占的100万元及利息；
     
   • 股东责任：若公司财产不足以清偿，其他股东可依据《公司法》第20条，主张该股东滥用权利损害公司利益，要求其承担连带赔偿责任；
     
   • 分红限制：侵占股东可能被暂停分红权，直至返还全部款项。
     结论：刑事责任与民事责任独立并存，股东需同时承担返还财产、赔偿损失等民事义务。

3. 占股50%的特殊性

   • 决策影响：若该股东通过表决权阻碍公司追责（如拒绝起诉），其他股东可依据《公司法》第151条提起股东代表诉讼，直接以公司名义追究其责任；
     
   • 股权处置：公司章程或股东协议可约定，职务侵占行为构成“重大违约”，公司有权强制回购其股权（价格按净资产或评估值确定）。
     结论：占股比例不赋予其免责特权，反而可能因控制权阻碍追责，需通过法律程序突破。

建议行动步骤：

1. 立即向公安机关报案，启动刑事程序；
   
2. 同步委托律师发送《律师函》，要求限期返还；
   
3. 召开股东会，决议解除其职务并追偿；
   
4. 若内部协商无果，尽快提起民事诉讼并申请财产保全。
   

如有进一步细节（如是否退赃、公司类型等），可补充说明后为您细化方案。