结论：员工单位申请工伤但未被工伤部门认定的情况下，员工休息期间是否算病假，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 若员工休息是因工伤导致的伤情：

   • 法律背景：根据《工伤保险条例》的相关规定，员工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这意味着，如果员工休息是因为工伤导致的伤情，且已经向工伤部门申请了工伤认定（尽管未被认定），但在此期间，如果伤情确实需要休息治疗，且符合停工留薪期的条件，那么这段时间不应被视为病假。
   • 建议：员工应保留好与工伤相关的医疗证明、诊断书等证据，以便在需要时证明自己休息的合理性。同时，如果工伤认定未被通过，员工可以考虑通过法律途径维护自己的权益，比如申请行政复议或提起行政诉讼。

2. 若员工休息并非因工伤导致的伤情，或工伤认定未被通过且伤情与工作无关：

   • 法律背景：在这种情况下，员工休息可能被视为病假或事假，具体取决于公司的规章制度和劳动合同的约定。如果公司规章制度或劳动合同中明确规定了病假的条件和待遇，那么员工应按照这些规定来享受病假待遇。
   • 建议：员工应仔细阅读公司的规章制度和劳动合同，了解自己关于病假的权益和义务。如果公司规章制度或劳动合同中未明确规定病假的条件和待遇，或者员工对公司的处理有异议，员工可以与公司进行协商，或者向劳动监察部门投诉，甚至通过法律途径解决争议。

3. 关于工伤认定未被通过后的处理：

   • 法律背景：如果工伤认定未被通过，员工可以在收到认定书之日起一定期限内（如60日内）向上一级社会保险行政部门提出行政复议申请，或者在收到认定书之日起一定期限内（如6个月内）直接向人民法院提起行政诉讼。
   • 建议：员工在收到工伤认定未被通过的决定后，应及时咨询专业律师，了解自己的法律权益和可能的救济途径。如果决定提起行政复议或行政诉讼，员工应准备好相关证据和材料，并按照规定的程序和期限进行申请或起诉。

进一步思考：员工在面对工伤认定未被通过且休息期间待遇不明的情况下，应积极与公司沟通，了解公司的立场和态度。同时，员工也应保留好所有与工伤和休息相关的证据和材料，以便在需要时维护自己的权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。