被控告人在公安机关调查时作虚假供述，公安机关可以将其认定为犯罪嫌疑人，但并非绝对，需结合具体情况综合判断。以下从多个角度进行分析：

1. 虚假供述与犯罪嫌疑人认定的关系

   • 法律逻辑：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，犯罪嫌疑人的认定主要基于公安机关掌握的证据和线索，这些证据和线索应当能够合理怀疑某人实施了犯罪行为。虚假供述本身可能构成对案件事实的歪曲，如果这种歪曲足以使公安机关合理怀疑被控告人与案件有关，那么公安机关有权将其认定为犯罪嫌疑人。
   • 实践操作：在实践中，公安机关在调查过程中会收集各种证据，包括口供、物证、书证等。如果被控告人的虚假供述与其他证据相互印证，形成了对其实施犯罪行为的合理怀疑，那么公安机关很可能会将其认定为犯罪嫌疑人。

2. 虚假供述的法律后果

   • 妨碍作证罪或伪证罪的风险：如果被控告人在刑事诉讼中故意作虚假供述，意图隐匿罪证或陷害他人，可能构成妨碍作证罪或伪证罪（在刑事诉讼中，证人、鉴定人、记录人、翻译人对与案件有重要关系的情节，故意作虚假证明、鉴定、记录、翻译，意图陷害他人或者隐匿罪证的，构成伪证罪）。然而，这一认定需要严格的证据支持，并且通常发生在案件进入审判阶段后。
   • 对案件处理的影响：虚假供述可能干扰公安机关的侦查工作，导致资源浪费或案件处理延误。因此，即使被控告人最初未被认定为犯罪嫌疑人，其虚假供述行为也可能在后续调查中被揭露，并影响对其的整体评价和处理。

3. 认定犯罪嫌疑人的综合考量

   • 证据充分性：公安机关在认定犯罪嫌疑人时，会综合考虑所有掌握的证据，包括虚假供述在内的各种线索。如果虚假供述是孤立的，没有其他证据支持，那么公安机关可能不会仅凭此就将其认定为犯罪嫌疑人。
   • 案件性质与严重程度：案件的性质和严重程度也会影响公安机关对犯罪嫌疑人的认定。对于重大、复杂的案件，公安机关可能会更加谨慎地处理虚假供述等线索，以确保不误判、不漏判。

4. 建议与注意事项

   • 如实供述：对于被控告人而言，如实供述是配合公安机关调查的基本要求。虚假供述不仅可能损害自己的信誉和权益，还可能面临法律责任。
   • 法律咨询：如果被控告人对自己是否构成犯罪或如何应对公安机关的调查有疑问，应及时咨询专业律师，以获取准确的法律意见和帮助。

总结来说，被控告人在公安机关调查时作虚假供述，公安机关可以基于该行为及其他证据将其认定为犯罪嫌疑人，但这一认定需要综合考虑多种因素。被控告人应如实供述，并在有疑问时及时咨询专业律师。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。