在建设工程合同中，若未明确约定税款由谁承担，税费的承担方需依据合同约定、税法规定及公平原则综合确定。以下是对此问题的详细分析：

一、合同约定明确的情况

1. 若合同中有明确约定：当建设工程施工合同中明确、具体地约定了税费承担主体时，双方应严格按照合同约定执行。例如，合同中可能写明“工程款不含税，税费由发包方承担”或“工程款含税，税费已包含在工程款中”等类似条款。这些条款在不违反法律法规强制性规定的前提下，具有法律约束力，双方应依此履行。

二、无约定或约定不明的情况

1. 法定纳税义务原则：根据税法规定，提供建筑服务的承包方（即施工单位）是增值税等相关税费的法定纳税义务人。因此，从法律规定角度看，承包方有责任和义务依法缴纳相关税费。然而，这并不意味着税款必然由施工方承担，具体还需看合同的约定以及双方的实际履行情况。

2. 公平原则与交易习惯：在合同未约定或约定不明确的情况下，实际操作中可能会综合考虑公平原则、交易习惯等因素，通过双方协商确定税费分担方式。例如，如果当地同类工程交易习惯中，税款通常由发包方承担，且双方对此无异议，那么可以参照此习惯进行分担。

3. 司法实践参考：在司法实践中，如果合同对税款承担无明确约定，法院或仲裁机构可能会根据公平原则、交易习惯以及双方的实际履行情况等因素，综合判断税款的承担方。例如，如果承包方在报价时已经考虑了税款因素，但合同中未明确约定，而发包方在支付工程款时拒绝承担税款，法院可能会认为承包方有权要求发包方承担部分或全部税款。

三、特殊情况与争议解决

1. 特殊情况处理：在某些特殊情况下，如政策性税费调整等，可能会对税款的承担产生影响。此时，双方应根据合同约定及相关法律法规的规定来协商处理，以确保双方的权益得到妥善保障。

2. 争议解决途径：如双方在税款承担问题上产生争议，首先应通过友好协商解决。协商不成的，可以按照合同约定的争议解决方式（如申请仲裁或提起诉讼）来解决争议。仲裁机构或法院将依据合同条款、相关法律法规以及公平合理原则来判定税款的承担方。

四、建议与防范措施

1. 明确约定税款条款：为避免因税款问题引发纠纷，建议在签订工程合同时，双方应明确约定税款的承担方、计算方式及支付时间等关键条款。这些条款应具体、明确，避免使用模糊或歧义的语言。

2. 了解税法规定与交易习惯：双方在签订合同时，应充分了解税法规定和当地同类工程的交易习惯，确保合同条款的合法性和合理性。这有助于减少后续纠纷的发生，并维护双方的合法权益。

3. 关注税费政策变化：在合同履行过程中，双方应密切关注税费政策的变化，及时调整税费分担方案。例如，如果国家出台了新的税费政策，导致税款增加或减少，双方应及时协商并调整合同条款，以确保合规性。

综上所述，建设工程合同中未约定税款由谁承担时，税费的承担方需依据合同约定、税法规定及公平原则综合确定。为避免后续纠纷，建议在签订合同时就明确税款的承担方式及相关责任义务。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。