结论：公司公积金未全额缴纳，而工资条上有公积金补助，这一行为是否合法需分情况讨论，一般情况下不合法，但具体还需结合实际情况判断。

分析如下：

1. 公积金缴纳的法定义务：

   • 根据《住房公积金管理条例》及相关规定，用人单位有义务为员工全额缴纳住房公积金，这是法定的强制性义务，不能通过任何形式免除或减轻。

2. 公积金补助的性质：

   • 工资条上的公积金补助，若被视为公司对员工的一种额外福利或补偿，而非替代法定公积金缴纳的义务，那么这种补助本身并不违法。但关键在于，这种补助不能替代公司应依法为员工缴纳的公积金部分。

3. 公司行为的合法性判断：

   • 若公司未全额缴纳公积金，且工资条上的公积金补助并未用于补足应缴纳的公积金部分：则公司的行为构成违法，因为公司未履行法定的公积金缴纳义务。
   • 若公司虽未全额缴纳公积金，但工资条上的公积金补助实际上是为了补足应缴纳的公积金部分（即补助金额等于或超过应缴未缴的公积金金额）：这种情况下，虽然公司的操作方式可能不够规范，但从实质上看，员工并未因此受到损失。然而，这种做法仍然存在法律风险，因为公司应直接按照法定比例缴纳公积金，而不是通过补助的形式来规避这一义务。此外，如果补助金额并未完全补足应缴公积金，那么公司仍然构成违法。

4. 法律后果与建议：

   • 法律后果：如果公司未依法为员工缴纳住房公积金，住房公积金管理中心有权责令公司限期缴存；逾期仍不缴存的，可以申请人民法院强制执行。同时，公司还可能面临罚款等行政处罚。
   • 建议：对于员工而言，如果发现公司未全额缴纳公积金，即使工资条上有公积金补助，也应向公司提出异议，并要求公司依法补缴。如果公司拒绝补缴，员工可以向当地住房公积金管理中心投诉或寻求法律援助。

进一步思考：

• 员工在维护自身权益时，应注意保留好相关证据，如工资条、劳动合同、公积金缴纳记录等，以便在需要时提供证明。
• 公司也应认识到，依法为员工缴纳住房公积金是法定义务，不能通过任何形式免除或减轻。否则，不仅可能面临法律处罚，还可能影响公司的声誉和员工满意度。

如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。