关于公司按底薪缴纳社保是否合法的问题，这需要结合具体的法律法规以及员工的实际工资构成来综合判断。

首先，我们要明确的是，根据《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，用人单位应当自行申报、按时足额缴纳社会保险费。这里的“足额”缴纳，意味着缴费基数需要符合法律规定，不能简单地按照最低工资标准或者基本工资来确定。社保缴费基数通常应参照职工上一自然年度的月平均工资，这个工资是包含计时工资、计件工资、奖金、津贴、补贴、加班加点工资等所有货币性收入的。

接下来，我们分情况讨论公司按底薪缴纳社保的合法性：

1. 如果底薪即为员工月平均工资，且不低于当地社保缴费基数的下限： 在这种情况下，公司按照底薪缴纳社保是合法的，因为底薪已经等同于员工的月平均工资，且满足了社保缴费基数的最低要求。

2. 如果底薪低于员工月平均工资，或公司仅以底薪作为社保缴费基数而忽略了其他收入项目： 这种情况下，公司按底薪缴纳社保就是违法的。因为这样做会导致社保缴费基数低于法定标准，不仅减少了公司应承担的社保费用，也损害了员工未来的社保待遇。例如，养老金待遇会因缴费基数低而降低。

为了确保社保缴纳的合法性，公司应该：

• 定期审查和调整员工的社保缴费基数，确保其与实际工资相符。
• 加强对社保缴纳相关法规的学习和了解，避免因误解或忽视法律要求而引发法律风险。

如果员工发现公司未按照实际工资足额缴纳社保，可以采取以下措施来维护自己的权益：

• 首先与公司进行沟通协商，要求公司按照实际工资标准补缴社保。
• 如果沟通无果，可以向当地社保经办机构或劳动监察部门反映和投诉，这些机构将依法对公司进行调查处理，并要求其按照规定足额缴纳社保费用。

综上所述，公司按底薪缴纳社保的合法性取决于底薪是否等同于员工的月平均工资，并且是否不低于当地社保缴费基数的下限。为了确保合法合规，公司应严格按照员工的实际工资收入来足额缴纳社会保险费。