结论：病假和事假超过60天，但年休假已休的情况下，公司扣回年休假工资是否合法，需根据具体情况判断，一般情况下，若公司规章制度或劳动合同中有明确规定，且该规定不违反法律法规的强制性规定，则可能是合法的；但若无相关规定或规定违法，则公司扣回年休假工资的行为不合法。
分析说明：
法律法规依据：
- 根据《职工带薪年休假条例》及相关规定，职工依法享受年休假，且年休假期间应享受与正常工作期间相同的工资收入。
- 同时，对于病假和事假，法律法规并未直接规定其与年休假工资的关系，但通常公司会在规章制度或劳动合同中对此进行约定。
公司规章制度与劳动合同：
- 若公司规章制度或劳动合同中明确规定，在病假和事假超过一定天数后，公司有权扣回已休年休假的工资，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司扣回年休假工资的行为可能是合法的。
- 反之，若公司规章制度或劳动合同中无此规定，或规定违反了法律法规的强制性规定（如剥夺了职工依法享受年休假的权利），则公司扣回年休假工资的行为不合法。
实际操作中的考量：
- 在实际操作中，公司扣回年休假工资的行为往往引发争议。职工可能认为，年休假是其依法享受的权益，不应因病假或事假而被剥夺。
- 而公司则可能认为，病假和事假已经影响了职工的工作出勤，若再不扣回年休假工资，将对公司造成不公平的负担。
法律建议：
对于职工：
- 在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于病假、事假和年休假工资的规定。
- 若公司规章制度或劳动合同中有关于扣回年休假工资的规定，且认为该规定不合理或违法，可以向公司提出异议，或向劳动监察部门投诉。
对于公司：
- 在制定规章制度或劳动合同条款时，应确保相关规定不违反法律法规的强制性规定，且公平合理。
- 若需扣回年休假工资，应在规章制度或劳动合同中明确规定，并向职工进行充分说明和告知。
可能后果：
- 若公司扣回年休假工资的行为被认定为违法，公司可能需要向职工支付违法扣除的工资，并可能面临劳动监察部门的处罚。
- 若职工因公司扣回年休假工资而提起劳动争议仲裁或诉讼，公司可能需要承担相应的法律责任和诉讼成本。
进一步思考：
- 在处理此类问题时，应充分考虑职工和公司的利益平衡，既要保护职工的合法权益，也要考虑公司的实际经营情况。
- 建议公司和职工在签订劳动合同时，就病假、事假和年休假工资等问题进行明确约定，以避免后续争议的发生。
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