综合工作制单位年假以小时计算是合法的，但具体折算方法需依据《职工带薪年休假条例》及单位规章制度来确定。以下是对这一问题的详细分析：

一、法律依据与工时制度关系

1. 《职工带薪年休假条例》的规定：

   • 根据《职工带薪年休假条例》第三条，职工累计工作年限决定其年休假天数，即满1年不满10年为5天，满10年不满20年为10天，满20年为15天。这一规定适用于所有职工，包括实行综合工时制的员工。

2. 综合工时制的定义：

   • 综合计算工时工作制是因工作特殊或受季节、自然条件限制，无法实行标准工时制度而采用的以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。

3. 年休假与工时制度的关系：

   • 职工的带薪年休假与其所在的工时制度无直接关联，而是基于累计工作年限来计算。因此，在综合工时制下，年休假同样应按照职工的累计工作年限来确定天数，并可以进一步折算成小时数。

二、年休假按小时折算的具体方法

1. 确定年休假天数：

   • 首先，根据职工的累计工作年限，按照《职工带薪年休假条例》的规定确定其应享受的年休假天数。

2. 换算成小时数：

   • 在综合工时制下，由于工作时间的不固定性，可以将年休假天数换算成小时数。通常，标准工作日为每天8小时，因此年休假小时数 = 年休假天数 × 8小时/天。例如，职工累计工作满1年不满10年，年休假天数为5天，换算后即为40小时。

3. 单位规章制度的作用：

   • 单位可以在其规章制度中明确年休假按小时折算的具体规定，包括折算方法、请假流程等，以确保操作的规范性和职工权益的保障。

三、实际应用中的注意事项

1. 加班与年休假的区分：

   • 在综合工时制下，员工超出法定标准工作时间的部分视为加班，应支付加班工资。年休假是员工的带薪休息权利，不能用加班来替代。单位应妥善安排员工休年休假，确保员工能够充分享受带薪年休假权益。

2. 休假记录与工资支付：

   • 单位应建立健全的年休假制度，对员工的年休假申请、审批、休假记录等进行详细管理。在员工休年休假期间，单位应按照正常工资标准支付工资，确保员工的合法权益不受损害。

3. 灵活安排休假：

   • 单位在安排年休假时，可以灵活处理，既可以集中安排，也可以分段安排。但应确保员工能够享受到足额的年休假小时数，并符合单位规章制度和法律法规的规定。

四、可能存在的争议与解决

• 争议点：在实际操作中，可能存在单位对年休假按小时折算的具体方法存在争议，或者员工对单位的年休假安排不满意等情况。
• 解决方式：当发生争议时，员工可以首先与单位进行协商，寻求妥善解决方案。如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

总结来说，综合工作制单位年假以小时计算是合法的，但具体折算方法需依据《职工带薪年休假条例》及单位规章制度来确定。单位应建立健全的年休假制度，确保员工的带薪年休假权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。