关于“公司上班12小时两班制是否合法”的问题，结论如下：

1. 若未经审批且违反法定工时，则不合法
   根据《劳动法》第三十六条及《国务院关于职工工作时间的规定》第三条，标准工时制下劳动者每日工作不超过8小时、每周不超过40小时。若公司未申请特殊工时制度（如综合计算工时或不定时工作制），直接实行12小时两班制，且未安排补休或支付加班费，则属于违法行为。

2. 若符合特殊工时制度审批条件，可能合法
   若公司因生产特点需实行综合计算工时或不定时工作制，并已向劳动行政部门申请并获得批准，则需进一步判断：

   • 综合计算工时制：需确保在综合计算周期内（如月、季）总工作时间未超过法定标准（如月总工时约176小时）。若12小时两班制导致周期内超时，超出部分需按《劳动法》第四十四条支付加班费（平日150%、休息日200%、法定假日300%）。
     
   • 不定时工作制：无固定上下班时间限制，但需保障劳动者休息权利。若12小时两班制未影响劳动者健康及休息，可能合法，但实践中需严格审核。

3. 若违反加班时长限制，则不合法
   即使经批准实行特殊工时制，每日延长工作时间一般不得超过3小时，每月累计不得超过36小时（《劳动法》第四十一条）。若12小时两班制导致劳动者每月加班时长远超36小时，则构成违法。

法律后果与建议：

• 公司违法风险：可能面临劳动行政部门警告、责令改正及罚款（《劳动保障监察条例》第二十五条）；劳动者可要求支付加班费、经济补偿金，甚至追究刑事责任（极端情况下）。
  
• 劳动者权益保障：
  
  1. 记录工作时间、加班证据（如考勤表、工资条）；
     
  2. 要求公司出示特殊工时制审批文件；
     
  3. 若权益受损，可向当地劳动监察部门投诉或直接向我咨询，通过法律途径维权。

示例说明：
假设某公司实行12小时两班制，月工作26天（无休息日），则月总工时为312小时（12小时×26天），远超标准工时制下的176小时（40小时/周×4.4周）及综合计算工时制下的月总工时上限。此时，公司需支付高额加班费，且可能因未审批或超时被认定为违法。

总结：12小时两班制的合法性需结合工时制度审批、工作时间总和及加班费支付综合判断。建议劳动者密切关注自身权益，公司应严格遵守法律规定，避免法律风险。如有具体疑问，可直接向我咨询。