已在民事调解书中约定逾期付款违约金的，执行程序中不再计算迟延履行利息。下面我为您详细解释这一结论：

1. 法律依据：

   • 《民事诉讼法》第264条规定，被执行人未按判决、裁定和其他法律文书指定的期间履行给付金钱义务的，应当加倍支付迟延履行期间的债务利息。但这一规定并不适用于已在民事调解书中约定了违约责任的情况。
   • 《最高人民法院关于人民法院民事调解工作若干问题的规定》第15条第2款明确规定，不履行调解协议的当事人承担了调解书确定的民事责任后，对方当事人又要求其承担民事诉讼法规定的迟延履行责任的，人民法院不予支持。

2. 逻辑分析：

   • 民事调解书是当事人在自愿、合法基础上达成的权利义务协议。调解书中约定的迟延履行民事责任，本身就是对不履行调解书一方的惩罚。
   • 如果允许在调解书约定的违约责任之外再计算迟延履行利息，将会导致对违约方的双重惩罚，这既不符合法律的规定，也不符合公平原则。

3. 实际案例：

   • 以郭某升与陈某刚、王某霞执行监督案为例，该案中民事调解书确认了陈某刚、王某霞欠郭某升借款本金及违约金。在执行过程中，被执行人缴纳了案款，但申请人郭某升仍要求执行迟延履行债务利息。最终，法院裁定驳回郭某升的申诉请求，明确指出生效的民事调解书确定的迟延履行民事责任不能与迟延履行债务利息同时适用。

综上所述，已在民事调解书中约定逾期付款违约金的，执行程序中不再计算迟延履行利息。这是由法律规定和公平原则所决定的。如果您在实际操作中遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会为您提供更具体的法律建议。