结论：合同纠纷协商好后，能否撤案取决于纠纷是否已经进入司法程序以及是否符合法律规定的可撤销情形。若未进入司法程序，双方协商一致即可解决纠纷，无需撤案；若已进入司法程序，则需根据具体情况判断是否符合撤诉条件或可撤销合同情形。
一、未进入司法程序的合同纠纷
若合同纠纷尚未进入司法程序，即双方尚未向法院提起诉讼或申请仲裁，那么双方通过协商达成一致意见后，无需进行撤案操作。因为此时纠纷并未形成诉讼或仲裁案件，双方只需按照协商达成的协议履行各自义务即可。
二、已进入司法程序的合同纠纷
若合同纠纷已经进入司法程序，即一方已经向法院提起诉讼或申请仲裁，那么情况就相对复杂一些。此时，能否撤案或撤销合同，需根据具体情况判断：
撤诉：
- 情形描述：在诉讼过程中，原告若认为继续诉讼已无必要或双方已达成和解，可以向法院申请撤诉。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，原告有权在宣判前申请撤诉，法院经审查认为符合撤诉条件的，会裁定准予撤诉。
- 实例：甲与乙因合同纠纷诉至法院，诉讼过程中双方达成和解协议，甲遂向法院申请撤诉，法院经审查后裁定准予撤诉。
撤销合同：
- 情形描述：若合同存在法律规定的可撤销情形，如重大误解、欺诈、胁迫、显失公平等，受损害方有权请求法院或仲裁机构撤销合同。
- 法律依据：
- 《中华人民共和国民法典》第一百四十七条：基于重大误解实施的民事法律行为，行为人有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
- 《中华人民共和国民法典》第一百四十八条：一方以欺诈手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受欺诈方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
- 《中华人民共和国民法典》第一百五十条：一方或者第三人以胁迫手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受胁迫方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
- 《中华人民共和国民法典》第一百五十一条：一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
- 实例：甲因受乙欺诈而签订了一份显失公平的合同，甲在发现欺诈行为后，有权向法院或仲裁机构申请撤销该合同。
三、特殊情况说明
- 限制民事行为能力人订立的合同：若合同由限制民事行为能力人订立，且未经法定代理人同意或追认，则合同效力待定。在追认前，相对人有权撤销合同。但此情形下的撤销权行使与合同纠纷协商好后撤案无直接关联，需根据具体情况判断。
- 无权代理人以被代理人名义订立的合同：在合同被追认之前，善意相对人有权撤销。但同样，此情形下的撤销权行使也与合同纠纷协商好后撤案无直接关联。
四、建议与注意事项
- 及时咨询：若合同纠纷已进入司法程序，且您认为存在可撤销情形或希望撤诉，建议及时咨询专业律师（即我本人），以便根据具体情况制定合适的策略。
- 保留证据：在协商或诉讼过程中，务必保留好相关证据，如合同文本、沟通记录、支付凭证等，以便在需要时证明自己的主张。
- 遵守法律程序：无论是撤诉还是撤销合同，都需严格遵守法律程序，不得擅自行动或违反法律规定。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。