合同纠纷立案后撤诉，一般需按以下步骤处理，且撤诉后仍可能产生一定法律后果：

1. 提交撤诉申请
   原告需向法院提交书面撤诉申请，说明撤诉理由（如双方达成和解、证据不足需补充等）。法院会审查撤诉是否出于自愿、是否损害他人权益，若符合条件则裁定准许撤诉。

2. 诉讼费用处理
   根据《诉讼费用交纳办法》，撤诉案件诉讼费由原告承担，但法院可能减半收取。若因被告反诉导致撤诉，反诉费用由被告承担。

3. 撤诉后的法律后果

   • 再次起诉限制：撤诉后，原告可在诉讼时效期内再次起诉，但需注意：
     
     • 若撤诉因证据不足，再次起诉时需补充新证据，否则可能面临败诉风险；
       
     • 若涉及“一事不再理”原则（如同一事实已由生效判决处理），法院可能不予受理。
       
   • 和解协议效力：若撤诉是基于双方和解，建议签订书面和解协议并公证，避免对方反悔后无证据维权。
     
   • 被告反诉处理：若被告已提出反诉，原告撤诉不影响反诉的审理，被告可继续主张反诉请求。

4. 特殊情形注意

   • 离婚案件：原告撤诉后，若无新情况、新理由，需在6个月后才能再次起诉。
     
   • 公益诉讼：涉及公共利益的案件，撤诉需经法院审查，可能不被准许。
     

建议：撤诉前需综合评估诉讼成本、证据充分性及和解协议条款，避免因撤诉导致权益受损。若有疑问，可直接向我咨询具体案件处理方案。