结论概述：关于“对上两个工程签两个合同，对下两个工程合并一个工程合同，开票是否可以抵税”的问题，这主要取决于发票的合规性、交易的真实性以及税务法规的具体规定。若发票合规且交易真实，通常可以抵税；但若存在不合规情况，则可能无法抵税，甚至面临税务风险。以下从多个角度进行详细分析：
一、发票的合规性
发票内容与实际交易相符：
- 根据税务法规，发票必须真实反映交易内容。如果对上两个工程和对下合并后的工程在实质上是相同的或紧密相关的，且发票上明确标注了工程的具体内容、金额等，且与实际交易相符，那么这样的发票通常是合规的，可以用于抵税。
发票的开具方与接收方：
- 发票应由提供工程服务的一方开具给接受服务的一方。如果发票的开具方和接收方与实际交易双方一致，且发票内容真实反映了交易情况，那么这样的发票也是合规的。
二、交易的真实性
工程合同的履行情况：
- 税务部门在审核发票时，会关注工程合同的履行情况。如果两个工程实际上已经合并为一个工程进行，且相关合同已经变更或补充协议已经签订，以反映这一变化，那么基于这样的合同开具的发票，在交易真实的情况下，是可以抵税的。
资金流与物流的一致性：
- 除了合同和发票外，税务部门还会关注资金流和物流的一致性。如果工程款项的支付与发票的开具相匹配，且工程物资的采购、运输等也与发票内容相符，那么这进一步证明了交易的真实性，从而支持发票的抵税。
三、税务法规的具体规定
增值税法规：
- 根据增值税法规，纳税人购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产或者不动产，支付或者负担的增值税额，为进项税额。如果取得的增值税扣税凭证符合法律、行政法规或者国务院税务主管部门有关规定，且其进项税额可以从销项税额中抵扣，那么这样的发票是可以抵税的。
税务风险与合规建议：
- 如果发票的开具或使用存在不合规情况，如虚开发票、发票内容与实际交易不符等，那么不仅无法抵税，还可能面临税务部门的处罚。因此，建议企业在开具和使用发票时，务必确保合规性，避免税务风险。
四、实际操作中的注意事项
合同变更与补充协议：
- 如果两个工程实际上已经合并为一个工程进行，建议及时变更或补充相关合同，以明确双方的权利和义务，并反映工程合并的实际情况。
发票管理：
- 加强发票管理，确保发票的开具、接收、保管等环节都符合税务法规的要求。同时，建立完善的发票管理制度，以便在需要时能够提供完整的发票链条和交易证据。
总结与建议：对上两个工程签两个合同，对下两个工程合并一个工程合同时，开票是否可以抵税主要取决于发票的合规性、交易的真实性以及税务法规的具体规定。为了确保合规性和避免税务风险，建议企业在开具和使用发票时务必谨慎，并咨询专业税务人员或律师的意见。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。