商业用地租厂房的合法性主要取决于土地性质、租赁合同约定以及是否履行了合法的审批手续。以下是对此问题的详细分析：
土地性质与规划用途：
- 商业用地与工业用地在规划用途上有显著区别。商业用地通常用于商业活动，如零售、办公等，而工业用地则专门用于工业生产、仓储等活动。
- 若租赁的商业用地在规划上并不允许建设厂房，那么在此类土地上建设厂房将违反土地用途管制制度，属于违法行为。
租赁合同约定：
- 租赁合同是双方权利义务的法律依据。合同中应明确约定租赁土地的用途、期限、租金等事项。
- 如果租赁合同中明确禁止承租人在土地上进行建设或改变土地用途，而承租人未经出租方同意擅自建造厂房，则构成违约行为，出租方有权要求承租人承担违约责任。
审批手续与合规性：
- 即使土地性质允许建设厂房，也必须办理一系列审批手续，包括但不限于建设工程规划许可证、施工许可证等。
- 未经批准擅自建设厂房属于违法建设行为，相关部门有权责令停止建设、限期改正，甚至拆除违法建筑并处以罚款。
针对您提出的问题，以下是一些具体的建议：
- 核实土地性质：在租赁商业用地前，务必核实土地的性质和规划用途，确保土地性质符合建设厂房的要求。
- 审查租赁合同：仔细审查租赁合同中的条款，特别是关于土地用途、租赁期限、租金支付及违约责任等方面的约定，确保合同内容合法有效且符合双方意愿。
- 办理审批手续：如果土地性质允许且租赁合同中有相关约定，应按照法定程序办理建设用地规划许可证、建设工程规划许可证、施工许可证等相关审批手续。
- 咨询专业意见：在涉及土地租赁和厂房建设等复杂法律问题时，建议咨询专业律师的意见，以确保您的行为合法合规并避免潜在的法律风险。
若存在以下情形，则租赁商业用地建厂房可能不合法：
- 土地性质不符合规划用途要求，如商业用地用于工业生产。
- 租赁合同中明确禁止承租人在土地上进行建设或改变土地用途。
- 未按照法定程序办理相关审批手续就擅自建设厂房。
总之，商业用地租厂房的合法性取决于多个因素的综合考量。为确保您的行为合法合规，请务必核实土地性质、审查租赁合同、办理审批手续并咨询专业意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。