商业用地当工业用地出租，若未依法办理土地用途变更手续，则属于违法行为；反之，若按照法定程序办理了相关手续并获得批准，则是合法的。以下是对这一问题的详细分析：
一、不合法的情形及法律后果
违反土地用途管制：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关法规，土地用途有严格的划分和管制。商业用地和工业用地分别用于不同的目的，擅自改变土地用途会破坏土地利用的整体规划和布局。
- 若将商业用地当作工业用地出租，且未办理相关变更手续，这明显违反了土地用途管制制度。
法律责任：
- 未经批准擅自改变土地用途的，相关部门有权责令改正，要求恢复土地原有用途。
- 根据情节轻重，还可能面临罚款、土地使用权被收回等法律责任。这些措施旨在维护土地管理的严肃性和市场秩序。
二、合法的转变途径与条件
依法办理变更手续：
- 若确实需要将商业用地转为工业用地出租，必须按照法定程序办理土地用途变更手续。
- 这包括向当地国土资源部门和规划部门提出申请，获得其书面同意，并报请原批准用地的人民政府进行批准。在城市规划区内改变土地用途的，还需先经城市规划行政主管部门同意。
符合城市规划要求：
- 转变后的土地用途必须符合城市规划要求，以确保土地利用的合理性和可持续性。
- 在申请变更前，需要对拟转变的工业用途进行充分的评估和规划，确保其与周边环境和城市发展相协调。
补缴土地出让金差价：
- 经批准后，用地单位通常需要按照规定补缴土地出让金差价，以反映不同土地用途之间的价值差异。
- 这是土地用途变更过程中的一项重要经济措施，也是确保土地利用合法性和合规性的重要环节。
三、实际操作中的注意事项与建议
权属清晰无争议：
- 在办理土地用途变更手续前，应确保商业用地的权属清晰、无争议，并已依法取得土地使用权证书。
- 这是进行任何土地交易或变更的基础和前提，也是避免后续纠纷的重要保障。
充分评估风险：
- 在决定转变土地用途前，应对工业用途的可行性和风险进行充分评估。
- 这包括市场需求、竞争状况、投资回报等多个方面。同时，还应确保合同条款的合法性和公平性，避免因合同问题引发纠纷。
及时办理手续并缴费：
- 一旦决定转变土地用途，应尽快按照法定程序办理相关手续并缴纳相关税费。
- 避免因拖延或违规操作而面临法律风险和经济损失。及时办理手续也是确保土地利用合法性和合规性的重要步骤。
总结与建议：商业用地当工业用地出租的合法性取决于是否依法办理了土地用途变更手续。在实际操作过程中，应严格遵守相关法律法规和政策要求，确保土地利用的合法性和合规性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。