结论：针对您描述的情况，即对方在合同上注明货物已验收合格、有对帐函且已开具发票，但现声称实际未收到货物，这可能涉及合同履行、证据效力及可能的违约或欺诈问题。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 合同履行与证据效力：

   • 合同条款：首先，需审查合同中关于货物交付、验收及付款的具体条款。若合同明确规定了货物交付后需经对方验收合格，且对方已签署验收合格文件，这通常构成对方对货物已接收并认可的直接证据。
   • 对帐函与发票：对帐函是双方对交易往来的确认，若对方已签署对帐函且未提出异议，这进一步证明了交易的真实性。发票的开具也是交易完成的重要标志，尤其在税务和财务记录上具有法律效力。

2. 对方声称未收货物的可能性与应对：

   • 对方主张的合理性：对方现声称未收到货物，可能涉及多种情况，如内部管理混乱、故意欺诈或误解等。需评估对方主张的合理性，包括其提供的证据（如物流记录、仓库入库单等）是否足以支持其主张。
   • 您的应对措施：
     • 收集证据：整理并保存所有与交易相关的证据，包括合同、验收单、对帐函、发票、物流记录等，以证明您已按合同约定履行了交付义务。
     • 沟通协商：尝试与对方进行沟通，了解其声称未收货物的具体原因，并寻求友好解决方案。
     • 法律途径：若沟通无果，可考虑通过法律途径解决争议，如提起诉讼或申请仲裁，要求对方履行合同义务或赔偿损失。

3. 可能的法律后果：

   • 若对方败诉：若法院或仲裁机构认定对方的主张不成立，对方需承担继续履行合同、赔偿损失等法律责任。
   • 若您败诉或证据不足：若您无法提供充分证据证明已履行交付义务，可能面临对方拒绝付款、要求退货或赔偿等风险。因此，证据的收集和保存至关重要。

4. 建议与预防措施：

   • 完善合同条款：在未来的交易中，建议完善合同条款，明确货物交付、验收、付款及争议解决等具体事项，以减少争议发生的可能性。
   • 加强证据管理：建立完善的证据管理制度，确保所有与交易相关的证据都能得到妥善保存和整理。
   • 及时沟通与协商：在交易过程中保持与对方的及时沟通，对可能出现的问题进行提前预防和协商解决。

进一步思考：在处理此类纠纷时，除了关注法律层面的证据和条款外，还需考虑商业信誉和长期合作的可能性。因此，在采取法律行动前，建议充分评估各种因素，选择最合适的解决方案。若您在此过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。