可以视情况对两家单位提起诉讼，但需结合具体交易背景和法律关系来分析。以下分情况说明：

1. 若两家公司存在关联关系或共同意思表示

• 法律逻辑：若发票开具方（B公司）与合同签订方（A公司）存在母子公司、总分机构等关联关系，或B公司实际参与交易（如代收代付、指定收款等），可能构成“表见代理”或“债务加入”。此时，两家公司可能需对债务承担连带责任。
• 证据要求：需提供交易记录、沟通记录、授权文件等，证明B公司实际参与交易或A公司同意由B公司收款/开票。
• 诉讼策略：可将A、B公司列为共同被告，主张其共同承担合同义务（如付款、交付货物等）。

2. 若发票开具方（B公司）与交易无关

• 法律逻辑：若B公司仅是“代开发票”且未参与交易，可能涉及“虚开发票”等违法行为，但B公司本身不构成合同相对方，无需承担合同责任。
• 风险点：若B公司虚开发票，可能面临税务处罚，但您作为买方需证明B公司未实际履行合同义务（如未交付货物），否则可能被认定为“善意取得”而无法直接追责B公司。
• 诉讼策略：仍应以合同签订方（A公司）为被告，要求其履行合同；若B公司存在过错（如协助A公司逃税），可另行主张其承担侵权责任（如赔偿损失）。

3. 若交易存在“走账”或“阴阳合同”

• 法律逻辑：若A、B公司通过“走账”规避税收或监管（如A公司收款后转至B公司账户），可能构成“通谋虚伪表示”，合同效力可能被否定，但实际履行方仍需承担责任。
• 证据要求：需证明资金流向、交易目的（如逃税）等，可能涉及行政调查或刑事报案。
• 诉讼策略：需结合具体证据选择主张合同无效或要求实际履行方承担责任，可能涉及刑事与民事交叉程序。

关键建议

1. 固定证据：收集合同、发票、付款记录、沟通记录等，证明交易实际履行方及两家公司的角色。
2. 税务合规审查：若发票开具存在异常（如无实际交易），需评估税务风险，避免被认定为“恶意取得虚开发票”。
3. 诉讼主体选择：根据证据情况，优先起诉合同签订方（A公司）；若B公司实际参与交易或存在过错，可追加为共同被告或第三人。

提示：具体案件需结合交易细节、证据链及司法实践判断，建议提供完整材料后进一步分析。