出租车转让公司扣除保证金是否合法，需视具体情况及合同约定而定。以下从不同角度为您详细分析：
一、合同约定角度
合同有明确约定：
- 如果出租车转让合同中明确约定了保证金扣除的条件、方式和比例，且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照合同约定扣除保证金是合法的。
- 例如：合同中约定，若出租车在转让前存在未处理的交通违章或事故，公司有权扣除一定比例的保证金作为赔偿。在此情况下，若确实存在未处理的交通违章或事故，公司扣除保证金即合法。
合同无明确约定或约定不明：
- 如果合同中没有明确约定保证金扣除的条件、方式和比例，或者约定不明确，那么公司擅自扣除保证金可能构成违约或侵权。
- 建议：在此情况下，您可以与公司协商，要求其说明扣除保证金的具体理由和依据。若协商无果，您可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。
二、法律法规角度
合法扣除情形：
- 根据相关法律法规，如果出租车转让过程中存在违法行为或违约行为，且这些行为给公司造成了实际损失，公司有权要求赔偿，并在一定条件下扣除保证金。
- 例如：若出租车在转让过程中被发现存在非法营运行为，导致公司被相关部门处罚，公司有权扣除保证金以弥补损失。
非法扣除情形：
- 如果公司扣除保证金的行为没有合法依据，或者扣除的金额超过了实际损失的范围，那么这种扣除行为就是非法的。
- 例如：公司无故扣除保证金，或者扣除的金额明显高于实际损失，均可能构成非法扣除。
三、实际操作建议
审查合同条款：
- 在出租车转让前，务必仔细审查合同条款，特别是关于保证金扣除的部分。确保合同条款明确、合法，并符合您的利益。
保留相关证据：
- 在出租车转让过程中，保留好所有相关证据，如合同、转账记录、沟通记录等。这些证据在后续可能发生的纠纷中将成为您维权的重要依据。
及时咨询专业律师：
- 如果您对出租车转让过程中的法律问题存在疑问，或者公司扣除保证金的行为让您感到困惑或不满，建议及时咨询专业律师。律师将根据您的具体情况，为您提供专业的法律意见和维权建议。
总结来说，出租车转让公司扣除保证金是否合法，需根据合同约定和法律法规进行综合判断。若您对此存在疑问或不满，建议及时与我沟通，我将根据您的具体情况为您提供专业的法律帮助。