出租车公司扣违约金是否合法，需根据具体情况判断，主要看违约金条款是否合法有效以及是否存在违约行为。以下从不同角度进行分析：
一、违约金条款的合法性
合同约定：
- 如果出租车公司与司机（或承租人）在租赁合同中明确约定了违约金条款，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该违约金条款原则上是合法有效的。
法律规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
- 但同时，法律也规定约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
二、违约行为的认定
违约情形：
- 如果司机（或承租人）存在违反租赁合同约定的行为，如提前解约、未按时支付租金、损坏车辆等，且这些行为在合同中被明确列为违约情形，那么出租车公司有权依据合同约定扣除违约金。
无违约或违约情形不明确：
- 如果司机（或承租人）没有违反租赁合同约定的行为，或者合同中未明确约定某些行为为违约情形，那么出租车公司无权扣除违约金。
- 此外，如果出租车公司扣除的违约金数额明显高于其实际损失，司机（或承租人）也有权要求减少违约金数额。
三、实际操作中的注意事项
审查合同条款：
- 司机（或承租人）在签订租赁合同时，应仔细审查合同中的违约金条款，确保自己了解并同意其中的内容。
保留证据：
- 在履行合同过程中，司机（或承租人）应保留好相关证据，如租金支付凭证、车辆交接单等，以便在发生纠纷时证明自己的履约情况。
协商与诉讼：
- 如果发生纠纷，司机（或承租人）应首先与出租车公司进行协商，尝试通过友好方式解决。
- 如果协商无果，司机（或承租人）可以向人民法院提起诉讼或申请仲裁，要求确认违约金条款的效力或调整违约金数额。
举例说明：
- 假设某出租车公司与司机签订的租赁合同中约定：“如司机提前解约，需支付违约金5000元。”若司机确实提前解约，且合同中无其他免责条款，那么出租车公司扣除5000元违约金是合法的。
- 但若合同中未约定提前解约需支付违约金，或约定的违约金数额明显高于出租车公司的实际损失（如出租车公司很快找到了新的司机并继续运营），那么司机有权要求减少违约金数额或拒绝支付。
建议：
- 如果你作为司机（或承租人）对出租车公司扣除的违约金有异议，建议首先审查租赁合同中的相关条款，并保留好相关证据。
- 如有需要，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。