结论：租车违章后租车公司扣违约金是否合法，需根据租赁合同的具体约定以及相关法律法规进行综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
合同中有明确约定：
- 如果租赁合同中明确约定了租车期间因违章行为导致租车公司产生损失（如处理违章的费用、车辆停运损失等）时，租车公司有权扣除一定金额的违约金作为补偿，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么租车公司扣除违约金的行为通常是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条：“当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。”
合同中无明确约定：
- 如果租赁合同中未明确约定因违章行为扣除违约金的相关条款，租车公司擅自扣除违约金可能缺乏合同依据，此时租车公司的行为可能不合法。
- 建议：在此情况下，租户可以与租车公司协商，要求返还被扣除的违约金；若协商无果，租户可以通过法律途径维护自己的合法权益。
二、法律法规角度
违约金合理性：
- 即使合同中有约定扣除违约金，该违约金的数额也应当合理，不得过分高于租车公司因违章行为所遭受的实际损失。如果违约金数额过高，租户可以请求人民法院或仲裁机构予以适当减少。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条第二款：“约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。”
违章行为处理：
- 租车期间发生的违章行为，原则上应由租户负责处理并承担相应责任。租车公司有权要求租户及时处理违章，但不得以此为由擅自扣除违约金，除非合同中有明确约定且违约金数额合理。
三、实际操作建议
审查合同条款：
- 租户在签订租赁合同时，应仔细审查合同条款，特别是关于违章行为处理及违约金扣除的相关约定，确保自己的权益不受侵害。
保留证据：
- 如发生租车公司擅自扣除违约金的情况，租户应保留好相关证据（如租赁合同、违章处理记录、扣款凭证等），以便在需要时通过法律途径维护自己的权益。
及时沟通协商：
- 租户在发现租车公司擅自扣除违约金后，应及时与租车公司沟通协商，要求解释扣款原因并返还被扣除的违约金。如协商无果，可考虑通过法律途径解决。
总结：租车违章后租车公司扣违约金是否合法，需根据租赁合同的具体约定以及相关法律法规进行综合判断。租户在签订合同时应仔细审查合同条款，并在发生纠纷时保留好相关证据，及时通过法律途径维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。