结论：施工合同中约定工程款抵房，双方未完成相关手续或未达成一致意见的，该约定可能无效或部分无效，具体取决于未完成的事项及双方的实际履行情况。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定的有效性基础
合同成立与生效：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同成立需要双方意思表示一致，且内容不违反法律、行政法规的强制性规定。若施工合同中明确约定了工程款抵房的具体条款，且双方已签字盖章，则该条款原则上成立并生效。
约定内容的具体性：
- 约定工程款抵房时，应明确抵房的具体信息（如房屋位置、面积、价格等）、抵房的时间、方式以及双方的权利义务等。若约定内容模糊或存在歧义，可能导致约定无效或难以执行。
二、双方未完成的情况分析
未完成抵房手续：
- 若双方虽在合同中约定了工程款抵房，但未实际办理房屋过户、登记等手续，且未就抵房事宜达成进一步的一致意见，则该约定可能因未实际履行而部分无效或无法强制执行。此时，双方仍应按照原合同约定或实际履行情况结算工程款。
未就抵房事宜达成一致：
- 若在合同履行过程中，双方就工程款抵房的具体事宜（如房屋选择、价格调整等）产生争议，且未能达成一致意见，则该约定可能因双方意思表示不一致而无效。此时，双方应协商解决争议，或依据原合同约定及法律规定处理工程款结算问题。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 若工程款抵房的约定无效或部分无效，双方应恢复原状，即按照原合同约定或实际履行情况结算工程款。若因一方过错导致约定无效或无法履行，过错方应承担相应的法律责任。
建议：
- 明确约定：在签订施工合同时，应明确约定工程款抵房的具体条款，包括房屋信息、抵房时间、方式以及双方的权利义务等，以避免后续争议。
- 及时履行：双方应按照约定及时履行抵房手续，确保约定的有效执行。若因特殊原因无法履行，应及时协商解决并签订补充协议。
- 保留证据：在合同履行过程中，双方应保留好相关证据（如合同、付款凭证、沟通记录等），以备不时之需。
总结：施工合同中约定工程款抵房，双方未完成相关手续或未达成一致意见的，该约定可能无效或部分无效。为避免此类争议，双方应在签订合同时明确约定具体条款，并及时履行相关手续。若遇问题，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律建议。