结论：在租赁车辆被抵押且立案后经侦未抓到犯罪嫌疑人的情况下，是否可以扣押车辆需分情况讨论，主要取决于车辆的所有权归属以及是否存在合法有效的抵押权。

1. 若车辆所有权属于租赁公司，且抵押行为未经租赁公司同意：

   • 在这种情况下，抵押行为可能构成无权处分，甚至可能涉嫌诈骗等刑事犯罪。租赁公司作为车辆的所有权人，有权要求返还车辆。
   • 如果经侦部门已经立案，但尚未抓到犯罪嫌疑人，租赁公司可以向经侦部门提供车辆的相关信息，如车辆识别号、车牌号等，以便经侦部门追踪车辆下落。
   • 一旦车辆被找到，经侦部门或法院在查明事实后，通常会根据车辆的所有权归属，将车辆返还给租赁公司。在此过程中，如果车辆被非法扣押或抵押，租赁公司也可以通过法律途径主张自己的权利，要求返还车辆并赔偿损失。

2. 若车辆所有权已通过合法程序转移给抵押权人（但此情况在租赁车辆中较为罕见，通常需租赁公司同意）：

   • 在极少数情况下，如果租赁车辆的所有权已经通过某种合法程序（如租赁公司同意的买卖、赠与等）转移给了抵押权人，且抵押权人又依法设立了抵押权，那么抵押权人在抵押权有效期内对车辆享有优先受偿权。
   • 但这种情况在租赁车辆中极为罕见，因为租赁车辆的所有权通常不会轻易转移。如果确实发生此类情况，且经侦部门已经立案但尚未抓到犯罪嫌疑人，抵押权人可以依法向法院申请财产保全，要求扣押车辆以保障其抵押权的实现。然而，这需要抵押权人提供充分的证据证明其对车辆享有合法的抵押权。

3. 关于经侦部门的扣押权限：

   • 经侦部门在侦查刑事案件过程中，有权根据案件需要扣押与案件有关的财物。但扣押财物必须遵循法定程序，且必须与案件直接相关。
   • 在租赁车辆被抵押的案件中，如果经侦部门认为车辆是犯罪工具或犯罪所得，且扣押车辆有助于查明案件事实或保障案件顺利办理，那么经侦部门可以依法扣押车辆。但扣押后，如果查明车辆与案件无关或不属于犯罪所得，经侦部门应当及时解除扣押并返还车辆。

法律建议：

• 对于租赁公司而言，如果发现租赁车辆被非法抵押或扣押，应立即向经侦部门报案，并提供车辆的相关信息以协助追踪车辆下落。
• 同时，租赁公司也可以咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及如何通过法律途径主张自己的权利。
• 对于抵押权人而言，如果认为自己对车辆享有合法的抵押权，且车辆被非法扣押或抵押影响了其抵押权的实现，也可以咨询专业律师，了解如何通过法律途径保障自己的权益。

可能后果：

• 如果车辆被非法扣押或抵押，且所有权人或抵押权人未及时采取法律措施主张自己的权利，可能会导致车辆被非法处置或无法追回，从而造成经济损失。
• 因此，建议所有权人或抵押权人在发现车辆被非法扣押或抵押后，立即咨询专业律师并采取相应的法律措施。